IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 68 65 70
ANN 4.0 73 67 80
ARB 58 57 58
IEDB Consensus 73 76 69
NetMHCcons 64 57 70
NetMHCpan 2.8 54 51 56
NetMHCpan 3.0 55 48 62
NetMHCpan 4.0 BA 67 61 73
NetMHCpan 4.0 EL 55 51 60
NetMHCpan 4.1 BA 61 55 67
NetMHCpan 4.1 EL 51 45 57
PickPocket 45 46 43
SMM 56 61 51
SMMPMBEC 48 54 42
mhcflurry 1.2.0 59 58 60

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1043924   HLA-A*03:01   9   13   6   binary   0.371   0.714   0.412   0.738   0.247   0.643   0.330   0.690   0.206   0.619   0.206   0.619   0.165   0.595   0.289   0.667   0.289   0.667   0.247   0.643   0.247   0.643   0.206   0.619   0.247   0.643   0.247   0.643   0.454   0.762 
 1031098   HLA-A*02:01   9   12   10   binary   0.649   1.000   0.583   0.950   0.453   0.850   0.592   0.950   0.649   1.000   0.583   0.950   0.584   0.950   0.583   0.950   0.518   0.900   0.583   0.950   0.648   1.000   0.454   0.850   0.453   0.850   0.453   0.850   0.518   0.900 
 1043978   HLA-A*11:01   9   20   6   binary   0.587   0.869   0.681   0.929   0.681   0.929   0.587   0.869   0.635   0.946   0.643   0.905   0.662   0.917   0.606   0.881   0.587   0.869   0.587   0.869   -0.627   0.107   0.568   0.857   0.549   0.845   0.530   0.833   0.624   0.893 
 1043978   HLA-A*11:01   10   12   6   binary   0.869   1.000   0.869   1.000   0.871   1.000   0.871   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.579   0.833   0.869   1.000   -0.871   0.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000 
 1043979   HLA-A*02:01   9   13   6   t1/2   0.388   0.643   0.435   0.714   0.591   0.738   0.749   0.810   0.388   0.667   0.485   0.690   0.513   0.738   0.614   0.786   0.586   0.881   0.524   0.738   0.469   0.810   0.700   0.810   0.764   0.833   0.630   0.762   0.416   0.667 
 1043979   HLA-A*02:01   10   12   3   t1/2   0.553   0.704   0.369   0.704   0.256   0.667   0.531   0.630   0.485   0.704   0.327   0.667   0.245   0.667   0.278   0.667   0.583   0.815   0.346   0.667   0.628   0.889   0.384   0.593   0.606   0.630   0.557   0.593   0.395   0.667 
 1044348   SLA-1*04:01   9   27   9   binary   -0.030   0.481   0.020   0.512   -   -   0.101   0.562   0.071   0.543   0.081   0.549   -0.081   0.451   -0.121   0.426   -0.081   0.451   -0.061   0.463   0.010   0.506   0.044   0.540   0.182   0.611   -0.040   0.475   -   -