IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 10 14 6
Consensus IEDB method 47 47 47
NN-align 56 62 50
NN-align 2.3 67 61 73
NetMHCIIpan-3.1 49 52 47
NetMHCIIpan-3.2 64 61 67
NetMHCIIpan-4.0 BA 74 74 75
NetMHCIIpan-4.0 EL 27 28 27
NetMHCIIpan-4.1 BA 80 80 80
NetMHCIIpan-4.1 EL 25 25 26
NetMHCIIpan-4.2 BA 86 84 89
NetMHCIIpan-4.2 EL 30 27 33
NetMHCIIpan-4.3 BA 78 75 81
NetMHCIIpan-4.3 EL 28 26 29
SMM-align 29 33 25
Tepitope (Sturniolo) 9 4 15

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01   46   14   ic50   0.421   0.747   0.642   0.809   0.702   0.839   0.705   0.862   0.709   0.844   0.785   0.891   0.779   0.871   0.451   0.737   0.815   0.875   0.462   0.734   0.791   0.886   0.445   0.781   0.754   0.862   0.387   0.733   0.661   0.812   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*03:01   46   16   ic50   -   -   -   -   -   -   0.580   0.804   0.011   0.479   0.507   0.752   0.605   0.852   0.450   0.808   0.660   0.867   0.448   0.810   0.645   0.871   0.441   0.802   0.620   0.869   0.507   0.819   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   46   13   ic50   -   -   -   -   -   -   0.664   0.823   0.613   0.804   0.708   0.858   0.737   0.862   0.428   0.742   0.761   0.883   0.447   0.789   0.732   0.869   0.413   0.767   0.678   0.828   0.351   0.762   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*02:01/DPB1*05:01   46   2   ic50   0.235   0.375   0.639   0.676   0.759   0.830   0.624   0.852   0.694   0.750   0.610   0.773   0.616   0.761   0.156   0.807   0.597   0.795   0.078   0.824   0.602   0.818   0.021   0.625   0.571   0.852   0.043   0.716   0.704   0.670   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*02:01/DPB1*14:01   46   12   ic50   -   -   -   -   -   -   0.603   0.885   0.261   0.571   0.531   0.809   0.607   0.836   0.385   0.767   0.642   0.858   0.362   0.745   0.668   0.877   0.314   0.761   0.615   0.826   0.561   0.853   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02   46   15   ic50   0.594   0.832   0.713   0.886   0.703   0.849   0.560   0.811   0.689   0.841   0.719   0.860   0.765   0.886   0.249   0.629   0.779   0.888   0.310   0.673   0.738   0.862   0.257   0.637   0.697   0.858   0.196   0.638   0.684   0.845   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01   46   8   ic50   0.078   0.635   0.136   0.727   0.151   0.743   0.004   0.707   0.124   0.678   0.101   0.747   0.161   0.812   -0.010   0.684   0.138   0.789   -0.005   0.651   0.140   0.799   0.072   0.709   0.122   0.809   -0.018   0.643   0.238   0.697   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   46   6   ic50   0.132   0.550   0.451   0.825   0.551   0.904   0.444   0.950   0.582   0.925   0.511   0.942   0.560   0.975   0.363   0.831   0.564   0.963   0.455   0.854   0.558   0.963   0.398   0.842   0.521   0.967   0.382   0.833   0.516   0.800   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   46   18   ic50   0.399   0.666   0.587   0.781   0.645   0.813   0.526   0.813   0.596   0.808   0.554   0.827   0.537   0.849   0.315   0.719   0.541   0.843   0.366   0.740   0.582   0.853   0.368   0.739   0.617   0.875   0.357   0.727   0.574   0.758   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01   46   7   ic50   0.509   0.668   0.683   0.853   0.600   0.817   0.597   0.850   0.665   0.864   0.643   0.879   0.692   0.916   0.377   0.804   0.712   0.927   0.371   0.810   0.699   0.938   0.300   0.786   0.698   0.923   0.319   0.766   0.679   0.868   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*01:01   49   22   ic50   0.321   0.704   0.581   0.840   0.709   0.899   0.801   0.940   0.814   0.963   0.842   0.966   0.848   0.965   0.613   0.811   0.863   0.965   0.606   0.803   0.864   0.968   0.621   0.811   0.834   0.956   0.608   0.803   0.539   0.815   0.478   0.768 
 1044682   HLA-DRB1*03:01   46   3   ic50   -   -   0.476   0.853   0.593   0.891   0.550   0.845   0.510   0.915   0.534   0.907   0.514   0.884   0.571   0.783   0.517   0.907   0.547   0.783   0.492   0.899   0.567   0.798   0.529   0.884   0.576   0.798   0.432   0.822   0.231   0.907 
 1044682   HLA-DRB1*04:01   116   32   ic50   -   -   0.657   0.881   0.598   0.842   0.718   0.941   0.634   0.884   0.658   0.898   0.687   0.923   0.534   0.881   0.707   0.924   0.542   0.876   0.717   0.941   0.542   0.894   0.706   0.930   0.539   0.892   0.538   0.790   0.504   0.779 
 1044682   HLA-DRB1*04:05   116   38   ic50   -   -   0.512   0.775   0.566   0.824   0.665   0.856   0.576   0.790   0.644   0.810   0.665   0.838   0.471   0.782   0.674   0.844   0.462   0.784   0.708   0.865   0.469   0.794   0.695   0.856   0.487   0.795   0.375   0.707   0.422   0.706 
 1044682   HLA-DRB1*07:01   49   32   ic50   0.270   0.631   0.514   0.753   0.566   0.801   0.678   0.842   0.572   0.754   0.694   0.831   0.701   0.844   0.459   0.732   0.701   0.840   0.439   0.743   0.761   0.873   0.466   0.767   0.748   0.864   0.487   0.752   0.412   0.682   0.356   0.627 
 1044682   HLA-DRB1*08:02   46   8   ic50   -   -   0.417   0.806   0.521   0.717   0.507   0.717   0.666   0.826   0.641   0.822   0.714   0.865   0.568   0.757   0.749   0.859   -   -   0.785   0.895   0.581   0.707   0.724   0.859   0.571   0.688   0.136   0.691   0.445   0.814 
 1044682   HLA-DRB1*09:01   46   27   ic50   0.277   0.674   0.677   0.868   0.438   0.752   0.620   0.840   0.474   0.762   0.621   0.821   0.581   0.788   0.470   0.735   0.577   0.797   0.431   0.729   0.615   0.812   0.420   0.710   0.635   0.840   0.399   0.714   0.297   0.645   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*11:01   46   16   ic50   -   -   0.562   0.772   0.756   0.854   0.824   0.908   0.704   0.840   0.728   0.858   0.789   0.887   0.611   0.777   0.770   0.865   0.585   0.760   0.777   0.871   0.594   0.765   0.756   0.863   0.602   0.758   0.551   0.762   0.289   0.604 
 1044682   HLA-DRB1*12:01   46   11   ic50   -   -   0.640   0.897   -   -   0.734   0.922   0.479   0.777   0.787   0.919   0.760   0.899   0.478   0.870   0.753   0.896   0.445   0.855   0.803   0.925   0.496   0.894   0.821   0.940   0.495   0.883   0.227   0.634   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*13:02   46   5   ic50   -   -   0.548   0.932   0.644   0.915   0.736   0.976   0.777   0.995   0.744   0.985   0.720   0.976   0.499   0.795   0.719   0.971   0.414   0.741   0.735   0.976   0.380   0.746   0.754   0.985   0.291   0.695   0.367   0.917   0.130   0.639 
 1044682   HLA-DRB1*15:01   116   65   ic50   -   -   0.581   0.771   0.553   0.769   0.636   0.815   0.553   0.767   0.617   0.805   0.694   0.842   0.572   0.785   0.690   0.844   0.519   0.760   0.701   0.854   0.517   0.754   0.652   0.823   0.500   0.741   0.589   0.792   0.407   0.664 
 1044682   HLA-DRB3*01:01   46   5   ic50   0.005   0.756   0.447   0.980   0.537   0.971   0.503   1.000   0.446   1.000   0.490   1.000   0.517   1.000   0.320   0.995   0.536   1.000   0.258   0.995   0.599   1.000   0.284   1.000   0.573   1.000   0.313   1.000   0.518   0.966   -   - 
 1044682   HLA-DRB3*02:02   46   12   ic50   -   -   -   -   -   -   0.800   0.951   0.707   0.819   0.786   0.917   0.820   0.914   0.540   0.880   0.826   0.926   0.554   0.873   0.829   0.917   0.622   0.926   0.808   0.914   0.638   0.917   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DRB4*01:01   49   9   ic50   0.046   0.594   0.442   0.951   0.580   0.961   0.674   0.989   0.506   0.886   0.435   0.761   0.536   0.875   0.544   0.844   0.561   0.878   0.580   0.894   0.571   0.908   0.611   0.875   0.569   0.903   0.603   0.869   0.283   0.864   -   - 
 1044682   HLA-DRB5*01:01   49   27   ic50   -   -   0.522   0.769   0.535   0.747   0.737   0.897   0.727   0.848   0.711   0.867   0.767   0.886   0.555   0.758   0.780   0.894   0.488   0.733   0.778   0.896   0.507   0.745   0.760   0.896   0.502   0.751   0.477   0.740   0.468   0.711