IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 0 0 0
Consensus IEDB method 53 53 54
NN-align 29 28 31
NN-align 2.3 46 48 43
NetMHCIIpan-3.1 30 27 32
NetMHCIIpan-3.2 47 43 51
NetMHCIIpan-4.0 BA 57 57 58
NetMHCIIpan-4.0 EL 42 44 39
NetMHCIIpan-4.1 BA 64 64 64
NetMHCIIpan-4.1 EL 55 56 55
NetMHCIIpan-4.2 BA 72 71 72
NetMHCIIpan-4.2 EL 68 70 66
NetMHCIIpan-4.3 BA 77 78 76
NetMHCIIpan-4.3 EL 57 57 57
SMM-align 38 33 43
Tepitope (Sturniolo) 28 34 23

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1040686   HLA-DPA1*02:02/DPB1*05:01   1563   259   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.046   0.536   0.082   0.564   0.098   0.576   0.103   0.581   0.114   0.588   0.115   0.591   0.103   0.580   0.108   0.585   0.125   0.597   0.183   0.643   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   1258   189   binary   0.106   0.590   0.264   0.715   0.262   0.712   0.252   0.703   0.250   0.702   0.219   0.677   0.221   0.678   0.135   0.609   0.205   0.666   0.144   0.617   0.229   0.685   0.174   0.642   0.240   0.694   0.195   0.659   0.270   0.718   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*04:01   425   65   binary   -   -   -0.068   0.450   -0.086   0.431   -0.072   0.442   -0.064   0.449   -0.073   0.441   -0.064   0.449   0.022   0.523   -0.060   0.452   0.061   0.551   -0.056   0.455   0.073   0.560   -0.037   0.470   0.033   0.528   -0.069   0.445   -0.136   0.401 
 1040686   HLA-DRB1*04:04   9788   1471   binary   -   -   0.254   0.705   0.160   0.629   0.243   0.696   0.200   0.661   0.260   0.710   0.278   0.724   0.287   0.732   0.287   0.732   0.313   0.754   0.291   0.735   0.322   0.760   0.301   0.743   0.320   0.758   0.212   0.671   0.249   0.702 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   9797   1485   binary   0.207   0.667   0.319   0.756   0.299   0.741   0.311   0.750   0.276   0.723   0.308   0.748   0.326   0.763   0.326   0.762   0.327   0.764   0.329   0.765   0.327   0.764   0.335   0.770   0.334   0.769   0.323   0.760   0.314   0.753   0.235   0.689 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   33   11   ic50   0.317   0.678   0.627   0.835   0.707   0.880   0.662   0.872   0.693   0.868   0.688   0.884   0.795   0.955   0.706   0.868   0.811   0.963   0.688   0.876   0.770   0.934   0.737   0.888   0.758   0.942   0.715   0.884   0.642   0.822   0.571   0.746 
 1040686   HLA-DRB1*08:03   1949   320   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.057   0.544   0.026   0.520   0.009   0.507   0.052   0.541   0.010   0.508   0.067   0.553   0.038   0.530   0.092   0.572   0.055   0.543   0.082   0.565   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*11:01   633   96   binary   -   -   0.078   0.566   0.045   0.536   0.098   0.579   0.011   0.509   0.087   0.570   0.111   0.589   0.154   0.626   0.109   0.588   0.156   0.627   0.122   0.598   0.161   0.632   0.138   0.611   0.154   0.625   0.047   0.539   0.057   0.555 
 1040686   HLA-DRB1*14:05   1949   333   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.179   0.637   0.255   0.696   0.217   0.666   0.210   0.662   0.242   0.686   0.250   0.692   0.266   0.704   0.260   0.700   0.271   0.708   0.248   0.690   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   9797   1485   binary   -   -   0.198   0.659   0.115   0.593   0.201   0.662   0.137   0.611   0.180   0.645   0.214   0.672   0.246   0.698   0.221   0.679   0.269   0.716   0.220   0.677   0.273   0.720   0.220   0.677   0.276   0.722   0.168   0.635   0.200   0.662 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   33   4   ic50   -   -   0.748   0.940   0.469   0.888   0.731   0.905   0.658   0.931   0.679   0.931   0.702   0.922   0.571   0.750   0.711   0.922   0.530   0.716   0.667   0.922   0.512   0.698   0.710   0.922   0.507   0.733   0.506   0.931   0.736   0.892