IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 7 13 0
Consensus IEDB method 79 77 82
NN-align 51 64 38
NN-align 2.3 72 71 73
NetMHCIIpan-3.1 33 40 25
NetMHCIIpan-3.2 57 50 63
NetMHCIIpan-4.0 BA 71 68 73
NetMHCIIpan-4.0 EL 29 16 41
NetMHCIIpan-4.1 BA 71 76 66
NetMHCIIpan-4.1 EL 34 22 46
NetMHCIIpan-4.2 BA 52 61 43
NetMHCIIpan-4.2 EL 32 25 39
NetMHCIIpan-4.3 BA 58 60 55
NetMHCIIpan-4.3 EL 31 25 37
SMM-align 43 49 36
Tepitope (Sturniolo) 68 70 66

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039423   HLA-DRB1*01:01   43   28   ic50   0.232   0.595   0.656   0.781   0.558   0.773   0.711   0.821   0.648   0.786   0.622   0.798   0.622   0.781   0.361   0.617   0.637   0.788   0.355   0.624   0.610   0.774   0.368   0.621   0.664   0.810   0.356   0.630   0.570   0.695   0.425   0.668 
 1039423   HLA-DRB1*03:03   43   5   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.327   0.679   0.393   0.768   0.408   0.732   0.104   0.663   0.275   0.668   0.109   0.647   0.291   0.647   0.095   0.637   0.358   0.689   0.096   0.637   -   -   -   - 
 1039423   HLA-DRB1*04:01   43   4   ic50   -   -   0.457   0.885   0.438   0.827   0.365   0.917   0.391   0.801   0.393   0.923   0.373   0.865   0.138   0.840   0.398   0.859   0.142   0.853   0.352   0.859   0.164   0.840   0.376   0.878   0.194   0.859   0.480   0.846   0.436   0.792 
 1039423   HLA-DRB1*07:01   43   9   ic50   0.228   0.699   0.434   0.797   0.487   0.791   0.441   0.781   0.321   0.722   0.431   0.781   0.492   0.807   0.208   0.755   0.496   0.804   0.217   0.771   0.452   0.778   0.214   0.784   0.419   0.771   0.205   0.761   0.344   0.709   0.562   0.828 
 1039423   HLA-DRB1*08:01   43   2   ic50   -   -   0.400   0.817   -   -   0.449   0.744   0.343   0.500   0.338   0.720   0.385   0.732   0.390   0.744   0.419   0.732   0.412   0.756   0.430   0.683   0.438   0.744   0.389   0.695   0.432   0.707   -   -   0.405   0.817 
 1039423   HLA-DRB1*11:01   43   9   ic50   -   -   0.477   0.763   0.372   0.614   0.371   0.660   0.337   0.605   0.342   0.644   0.396   0.647   0.279   0.605   0.413   0.650   0.275   0.605   0.393   0.634   0.291   0.614   0.358   0.627   0.263   0.611   0.326   0.683   0.488   0.773 
 1039423   HLA-DRB1*15:01   43   14   ic50   -   -   0.678   0.840   0.534   0.756   0.640   0.803   0.422   0.690   0.531   0.736   0.683   0.842   0.510   0.879   0.686   0.835   0.517   0.847   0.667   0.830   0.488   0.833   0.668   0.813   0.534   0.847   0.523   0.739   0.578   0.837