IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 12 20 4
Consensus IEDB method 61 62 59
NN-align 44 38 50
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 49 52 47
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 78 73 83
Tepitope (Sturniolo) 38 37 40

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1038237   HLA-DRB1*01:01   18   3   ic50   -0.011   0.633   0.382   0.811   0.350   0.756   -   -   0.401   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.463   0.867   0.588   0.867 
 1038237   HLA-DRB1*04:01   18   8   ic50   -   -   0.366   0.762   0.245   0.713   -   -   0.197   0.625   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.358   0.725   0.293   0.738 
 1038237   HLA-DRB1*04:05   18   6   ic50   -   -   0.595   0.819   0.587   0.778   -   -   0.509   0.764   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.643   0.861   0.311   0.736 
 1038237   HLA-DRB1*07:01   18   6   ic50   0.750   0.861   0.649   0.854   0.534   0.889   -   -   0.655   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.680   0.903   0.541   0.875 
 1038237   HLA-DRB1*08:02   18   2   ic50   -   -   0.300   0.922   0.238   0.875   -   -   0.366   0.969   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.278   0.938   0.211   0.906 
 1038237   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   -0.367   0.384   0.540   0.946   0.581   1.000   -   -   0.534   0.964   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.461   0.964   -   - 
 1038237   HLA-DRB1*15:01   18   8   ic50   -   -   0.700   0.887   0.461   0.812   -   -   0.470   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.738   0.900   0.551   0.800 
 1038237   HLA-DRB3*01:01   18   3   ic50   -0.024   0.578   0.789   0.989   0.755   0.956   -   -   0.834   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.888   1.000   -   - 
 1038237   HLA-DRB4*01:01   18   4   ic50   0.246   0.804   0.465   0.929   0.574   0.964   -   -   0.555   0.857   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.539   0.875   -   -