IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 14 16 11
Consensus IEDB method 48 48 48
NN-align 57 61 53
NN-align 2.3 59 54 64
NetMHCIIpan-3.1 53 55 52
NetMHCIIpan-3.2 61 59 63
NetMHCIIpan-4.0 BA 71 71 71
NetMHCIIpan-4.0 EL 29 29 29
NetMHCIIpan-4.1 BA 75 75 74
NetMHCIIpan-4.1 EL 28 28 29
NetMHCIIpan-4.2 BA 82 80 83
NetMHCIIpan-4.2 EL 35 33 37
NetMHCIIpan-4.3 BA 77 74 79
NetMHCIIpan-4.3 EL 29 29 30
SMM-align 35 38 31
Tepitope (Sturniolo) 28 27 29

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1042786   HLA-DRB1*01:01   26   4   ic50   0.100   0.614   0.236   0.591   0.475   0.727   0.245   0.727   0.331   0.659   0.433   0.716   0.422   0.705   0.453   0.886   0.408   0.693   0.479   0.909   0.408   0.693   0.514   0.932   0.363   0.739   0.496   0.864   0.480   0.636   0.500   0.648 
 1043121   HLA-DRB1*01:01   89   28   binary   0.627   0.890   0.621   0.888   0.642   0.899   0.637   0.896   0.666   0.914   0.665   0.913   0.653   0.906   0.302   0.695   0.656   0.908   0.319   0.708   0.663   0.912   0.302   0.694   0.648   0.903   0.291   0.684   0.572   0.858   0.448   0.792 
 1043121   HLA-DRB1*03:01   89   6   binary   -   -   0.369   0.939   0.389   0.948   0.363   0.918   0.419   0.982   0.412   0.974   0.385   0.944   0.229   0.765   0.392   0.952   0.244   0.781   0.391   0.950   0.238   0.774   0.410   0.972   0.255   0.791   0.346   0.898   0.281   0.840 
 1043121   HLA-DRB1*04:01   89   27   binary   -   -   0.598   0.879   0.553   0.847   0.544   0.842   0.545   0.842   0.531   0.833   0.511   0.821   0.280   0.688   0.499   0.813   0.260   0.668   0.534   0.835   0.299   0.693   0.550   0.845   0.278   0.678   0.518   0.826   0.619   0.892 
 1043121   HLA-DRB1*07:01   89   26   binary   0.550   0.849   0.678   0.935   0.617   0.892   0.692   0.939   0.706   0.948   0.700   0.944   0.712   0.952   0.438   0.785   0.713   0.952   0.388   0.748   0.725   0.960   0.426   0.773   0.728   0.962   0.398   0.755   0.622   0.895   0.642   0.918 
 1043570   HLA-DRB1*15:01   146   13   binary   -   -   0.357   0.867   0.377   0.882   0.370   0.875   0.366   0.871   0.378   0.883   0.375   0.880   0.249   0.763   0.374   0.879   0.263   0.770   0.379   0.884   0.267   0.780   0.375   0.880   0.244   0.758   0.314   0.818   0.322   0.848 
 1043728   HLA-DRB1*01:01   16   8   binary   -0.027   0.484   0.204   0.617   0.136   0.578   -0.108   0.438   0.081   0.547   -0.081   0.453   0.081   0.547   0.217   0.625   -0.027   0.484   0.217   0.625   0.108   0.562   0.244   0.641   -0.054   0.469   0.244   0.641   0.353   0.703   0.190   0.609 
 1043728   HLA-DRB1*03:01   13   4   binary   -   -   0.335   0.708   0.178   0.611   0.134   0.583   0.312   0.694   0.312   0.694   0.445   0.778   0.223   0.639   0.356   0.722   0.223   0.639   0.267   0.667   0.178   0.611   0.356   0.722   0.089   0.556   0.401   0.750   -0.134   0.417 
 1043728   HLA-DRB1*04:01   17   10   binary   -   -   0.415   0.771   0.537   0.814   0.317   0.686   0.464   0.771   0.390   0.729   0.464   0.771   0.610   0.857   0.488   0.786   0.610   0.857   0.512   0.800   0.598   0.879   0.634   0.871   0.537   0.814   0.488   0.786   0.342   0.700 
 1043728   HLA-DRB1*15:01   13   10   binary   -   -   0.244   0.667   0.244   0.667   0.244   0.667   0.293   0.700   0.195   0.633   0.293   0.700   0.000   0.500   0.293   0.700   0.146   0.600   0.390   0.767   0.293   0.700   0.293   0.700   0.244   0.667   -0.049   0.467   0.489   0.833 
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01   46   14   ic50   0.421   0.747   0.642   0.809   0.702   0.839   0.705   0.862   0.709   0.844   0.785   0.891   0.779   0.871   0.451   0.737   0.815   0.875   0.462   0.734   0.791   0.886   0.445   0.781   0.754   0.862   0.387   0.733   0.661   0.812   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*03:01   46   16   ic50   -   -   -   -   -   -   0.580   0.804   0.011   0.479   0.507   0.752   0.605   0.852   0.450   0.808   0.660   0.867   0.448   0.810   0.645   0.871   0.441   0.802   0.620   0.869   0.507   0.819   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   46   13   ic50   -   -   -   -   -   -   0.664   0.823   0.613   0.804   0.708   0.858   0.737   0.862   0.428   0.742   0.761   0.883   0.447   0.789   0.732   0.869   0.413   0.767   0.678   0.828   0.351   0.762   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*02:01/DPB1*05:01   46   2   ic50   0.235   0.375   0.639   0.676   0.759   0.830   0.624   0.852   0.694   0.750   0.610   0.773   0.616   0.761   0.156   0.807   0.597   0.795   0.078   0.824   0.602   0.818   0.021   0.625   0.571   0.852   0.043   0.716   0.704   0.670   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*02:01/DPB1*14:01   46   12   ic50   -   -   -   -   -   -   0.603   0.885   0.261   0.571   0.531   0.809   0.607   0.836   0.385   0.767   0.642   0.858   0.362   0.745   0.668   0.877   0.314   0.761   0.615   0.826   0.561   0.853   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02   46   15   ic50   0.594   0.832   0.713   0.886   0.703   0.849   0.560   0.811   0.689   0.841   0.719   0.860   0.765   0.886   0.249   0.629   0.779   0.888   0.310   0.673   0.738   0.862   0.257   0.637   0.697   0.858   0.196   0.638   0.684   0.845   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01   46   8   ic50   0.078   0.635   0.136   0.727   0.151   0.743   0.004   0.707   0.124   0.678   0.101   0.747   0.161   0.812   -0.010   0.684   0.138   0.789   -0.005   0.651   0.140   0.799   0.072   0.709   0.122   0.809   -0.018   0.643   0.238   0.697   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   46   6   ic50   0.132   0.550   0.451   0.825   0.551   0.904   0.444   0.950   0.582   0.925   0.511   0.942   0.560   0.975   0.363   0.831   0.564   0.963   0.455   0.854   0.558   0.963   0.398   0.842   0.521   0.967   0.382   0.833   0.516   0.800   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   46   18   ic50   0.399   0.666   0.587   0.781   0.645   0.813   0.526   0.813   0.596   0.808   0.554   0.827   0.537   0.849   0.315   0.719   0.541   0.843   0.366   0.740   0.582   0.853   0.368   0.739   0.617   0.875   0.357   0.727   0.574   0.758   -   - 
 1044682   HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01   46   7   ic50   0.509   0.668   0.683   0.853   0.600   0.817   0.597   0.850   0.665   0.864   0.643   0.879   0.692   0.916   0.377   0.804   0.712   0.927   0.371   0.810   0.699   0.938   0.300   0.786   0.698   0.923   0.319   0.766   0.679   0.868   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*01:01   49   22   ic50   0.321   0.704   0.581   0.840   0.709   0.899   0.801   0.940   0.814   0.963   0.842   0.966   0.848   0.965   0.613   0.811   0.863   0.965   0.606   0.803   0.864   0.968   0.621   0.811   0.834   0.956   0.608   0.803   0.539   0.815   0.478   0.768 
 1044682   HLA-DRB1*03:01   46   3   ic50   -   -   0.476   0.853   0.593   0.891   0.550   0.845   0.510   0.915   0.534   0.907   0.514   0.884   0.571   0.783   0.517   0.907   0.547   0.783   0.492   0.899   0.567   0.798   0.529   0.884   0.576   0.798   0.432   0.822   0.231   0.907 
 1044682   HLA-DRB1*04:01   116   32   ic50   -   -   0.657   0.881   0.598   0.842   0.718   0.941   0.634   0.884   0.658   0.898   0.687   0.923   0.534   0.881   0.707   0.924   0.542   0.876   0.717   0.941   0.542   0.894   0.706   0.930   0.539   0.892   0.538   0.790   0.504   0.779 
 1044682   HLA-DRB1*04:05   116   38   ic50   -   -   0.512   0.775   0.566   0.824   0.665   0.856   0.576   0.790   0.644   0.810   0.665   0.838   0.471   0.782   0.674   0.844   0.462   0.784   0.708   0.865   0.469   0.794   0.695   0.856   0.487   0.795   0.375   0.707   0.422   0.706 
 1044682   HLA-DRB1*07:01   49   32   ic50   0.270   0.631   0.514   0.753   0.566   0.801   0.678   0.842   0.572   0.754   0.694   0.831   0.701   0.844   0.459   0.732   0.701   0.840   0.439   0.743   0.761   0.873   0.466   0.767   0.748   0.864   0.487   0.752   0.412   0.682   0.356   0.627 
 1044682   HLA-DRB1*08:02   46   8   ic50   -   -   0.417   0.806   0.521   0.717   0.507   0.717   0.666   0.826   0.641   0.822   0.714   0.865   0.568   0.757   0.749   0.859   -   -   0.785   0.895   0.581   0.707   0.724   0.859   0.571   0.688   0.136   0.691   0.445   0.814 
 1044682   HLA-DRB1*09:01   46   27   ic50   0.277   0.674   0.677   0.868   0.438   0.752   0.620   0.840   0.474   0.762   0.621   0.821   0.581   0.788   0.470   0.735   0.577   0.797   0.431   0.729   0.615   0.812   0.420   0.710   0.635   0.840   0.399   0.714   0.297   0.645   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*11:01   46   16   ic50   -   -   0.562   0.772   0.756   0.854   0.824   0.908   0.704   0.840   0.728   0.858   0.789   0.887   0.611   0.777   0.770   0.865   0.585   0.760   0.777   0.871   0.594   0.765   0.756   0.863   0.602   0.758   0.551   0.762   0.289   0.604 
 1044682   HLA-DRB1*12:01   46   11   ic50   -   -   0.640   0.897   -   -   0.734   0.922   0.479   0.777   0.787   0.919   0.760   0.899   0.478   0.870   0.753   0.896   0.445   0.855   0.803   0.925   0.496   0.894   0.821   0.940   0.495   0.883   0.227   0.634   -   - 
 1044682   HLA-DRB1*13:02   46   5   ic50   -   -   0.548   0.932   0.644   0.915   0.736   0.976   0.777   0.995   0.744   0.985   0.720   0.976   0.499   0.795   0.719   0.971   0.414   0.741   0.735   0.976   0.380   0.746   0.754   0.985   0.291   0.695   0.367   0.917   0.130   0.639 
 1044682   HLA-DRB1*15:01   116   65   ic50   -   -   0.581   0.771   0.553   0.769   0.636   0.815   0.553   0.767   0.617   0.805   0.694   0.842   0.572   0.785   0.690   0.844   0.519   0.760   0.701   0.854   0.517   0.754   0.652   0.823   0.500   0.741   0.589   0.792   0.407   0.664 
 1044682   HLA-DRB3*01:01   46   5   ic50   0.005   0.756   0.447   0.980   0.537   0.971   0.503   1.000   0.446   1.000   0.490   1.000   0.517   1.000   0.320   0.995   0.536   1.000   0.258   0.995   0.599   1.000   0.284   1.000   0.573   1.000   0.313   1.000   0.518   0.966   -   - 
 1044682   HLA-DRB3*02:02   46   12   ic50   -   -   -   -   -   -   0.800   0.951   0.707   0.819   0.786   0.917   0.820   0.914   0.540   0.880   0.826   0.926   0.554   0.873   0.829   0.917   0.622   0.926   0.808   0.914   0.638   0.917   -   -   -   - 
 1044682   HLA-DRB4*01:01   49   9   ic50   0.046   0.594   0.442   0.951   0.580   0.961   0.674   0.989   0.506   0.886   0.435   0.761   0.536   0.875   0.544   0.844   0.561   0.878   0.580   0.894   0.571   0.908   0.611   0.875   0.569   0.903   0.603   0.869   0.283   0.864   -   - 
 1044682   HLA-DRB5*01:01   49   27   ic50   -   -   0.522   0.769   0.535   0.747   0.737   0.897   0.727   0.848   0.711   0.867   0.767   0.886   0.555   0.758   0.780   0.894   0.488   0.733   0.778   0.896   0.507   0.745   0.760   0.896   0.502   0.751   0.477   0.740   0.468   0.711