IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 5 5 5
Consensus IEDB method 55 56 55
NN-align 40 38 43
NN-align 2.3 47 48 46
NetMHCIIpan-3.1 54 50 58
NetMHCIIpan-3.2 59 55 62
NetMHCIIpan-4.0 BA 65 62 67
NetMHCIIpan-4.0 EL 49 48 50
NetMHCIIpan-4.1 BA 67 64 70
NetMHCIIpan-4.1 EL 54 53 56
NetMHCIIpan-4.2 BA 70 66 74
NetMHCIIpan-4.2 EL 57 55 60
NetMHCIIpan-4.3 BA 72 72 72
NetMHCIIpan-4.3 EL 52 51 54
SMM-align 47 49 46
Tepitope (Sturniolo) 39 37 42

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1040638   HLA-DRB1*04:01   21   2   ic50   -   -   0.591   0.605   0.449   0.526   0.367   0.474   0.545   0.763   0.463   0.737   0.509   0.737   0.357   0.605   0.493   0.737   0.285   0.553   0.538   0.737   0.318   0.776   0.514   0.658   0.337   0.526   0.609   0.605   0.435   0.605 
 1041090   HLA-DRB1*04:01   24   9   ic50   -   -   0.270   0.633   0.338   0.696   0.240   0.622   0.173   0.659   0.245   0.659   0.323   0.726   0.527   0.763   0.367   0.748   0.462   0.741   0.409   0.756   0.469   0.726   0.426   0.748   0.494   0.733   0.122   0.556   0.343   0.741 
 1040686   HLA-DPA1*02:02/DPB1*05:01   1563   259   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.046   0.536   0.082   0.564   0.098   0.576   0.103   0.581   0.114   0.588   0.115   0.591   0.103   0.580   0.108   0.585   0.125   0.597   0.183   0.643   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   1258   189   binary   0.106   0.590   0.264   0.715   0.262   0.712   0.252   0.703   0.250   0.702   0.219   0.677   0.221   0.678   0.135   0.609   0.205   0.666   0.144   0.617   0.229   0.685   0.174   0.642   0.240   0.694   0.195   0.659   0.270   0.718   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*04:01   425   65   binary   -   -   -0.068   0.450   -0.086   0.431   -0.072   0.442   -0.064   0.449   -0.073   0.441   -0.064   0.449   0.022   0.523   -0.060   0.452   0.061   0.551   -0.056   0.455   0.073   0.560   -0.037   0.470   0.033   0.528   -0.069   0.445   -0.136   0.401 
 1040686   HLA-DRB1*04:04   9788   1471   binary   -   -   0.254   0.705   0.160   0.629   0.243   0.696   0.200   0.661   0.260   0.710   0.278   0.724   0.287   0.732   0.287   0.732   0.313   0.754   0.291   0.735   0.322   0.760   0.301   0.743   0.320   0.758   0.212   0.671   0.249   0.702 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   9797   1485   binary   0.207   0.667   0.319   0.756   0.299   0.741   0.311   0.750   0.276   0.723   0.308   0.748   0.326   0.763   0.326   0.762   0.327   0.764   0.329   0.765   0.327   0.764   0.335   0.770   0.334   0.769   0.323   0.760   0.314   0.753   0.235   0.689 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   33   11   ic50   0.317   0.678   0.627   0.835   0.707   0.880   0.662   0.872   0.693   0.868   0.688   0.884   0.795   0.955   0.706   0.868   0.811   0.963   0.688   0.876   0.770   0.934   0.737   0.888   0.758   0.942   0.715   0.884   0.642   0.822   0.571   0.746 
 1040686   HLA-DRB1*08:03   1949   320   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.057   0.544   0.026   0.520   0.009   0.507   0.052   0.541   0.010   0.508   0.067   0.553   0.038   0.530   0.092   0.572   0.055   0.543   0.082   0.565   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*11:01   633   96   binary   -   -   0.078   0.566   0.045   0.536   0.098   0.579   0.011   0.509   0.087   0.570   0.111   0.589   0.154   0.626   0.109   0.588   0.156   0.627   0.122   0.598   0.161   0.632   0.138   0.611   0.154   0.625   0.047   0.539   0.057   0.555 
 1040686   HLA-DRB1*14:05   1949   333   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.179   0.637   0.255   0.696   0.217   0.666   0.210   0.662   0.242   0.686   0.250   0.692   0.266   0.704   0.260   0.700   0.271   0.708   0.248   0.690   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   9797   1485   binary   -   -   0.198   0.659   0.115   0.593   0.201   0.662   0.137   0.611   0.180   0.645   0.214   0.672   0.246   0.698   0.221   0.679   0.269   0.716   0.220   0.677   0.273   0.720   0.220   0.677   0.276   0.722   0.168   0.635   0.200   0.662 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   33   4   ic50   -   -   0.748   0.940   0.469   0.888   0.731   0.905   0.658   0.931   0.679   0.931   0.702   0.922   0.571   0.750   0.711   0.922   0.530   0.716   0.667   0.922   0.512   0.698   0.710   0.922   0.507   0.733   0.506   0.931   0.736   0.892 
 1040281   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   12   2   binary   -   -   -   -   -   -   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.389   0.800   0.130   0.600   0.389   0.800   0.389   0.800   0.389   0.800   0.260   0.700   0.389   0.800   0.454   0.850   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB1*01:01   12   8   binary   0.180   0.609   0.103   0.594   -0.154   0.406   -0.051   0.469   -0.154   0.406   -0.128   0.422   -0.102   0.438   0.051   0.531   -0.102   0.438   0.051   0.531   -0.154   0.406   0.051   0.531   -0.307   0.312   0.051   0.531   0.000   0.500   0.103   0.562 
 1040281   HLA-DRB1*03:01   12   2   binary   -   -   0.033   0.750   0.194   0.650   0.000   0.500   0.518   0.900   0.453   0.850   0.389   0.800   0.453   0.850   0.389   0.800   0.518   0.900   0.518   0.900   0.422   0.900   0.324   0.750   0.422   0.900   0.194   0.650   -0.033   0.525 
 1040281   HLA-DRB1*04:01   12   5   binary   -   -   0.860   1.000   0.759   0.943   0.661   0.886   0.759   0.943   0.857   1.000   0.808   0.971   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.857   1.000   0.861   1.000 
 1040281   HLA-DRB1*07:01   12   8   binary   0.026   0.516   0.359   0.719   0.358   0.719   0.358   0.719   0.615   0.875   0.512   0.812   0.512   0.812   0.512   0.812   0.461   0.781   0.563   0.844   0.461   0.781   0.512   0.812   0.563   0.844   0.563   0.844   0.307   0.688   0.263   0.750 
 1040281   HLA-DRB1*08:01   12   7   binary   -   -   0.246   0.643   -   -   0.220   0.629   0.808   0.971   0.465   0.771   0.416   0.743   0.563   0.829   0.367   0.714   0.416   0.743   0.465   0.771   0.269   0.657   0.514   0.800   0.220   0.629   -   -   0.246   0.643 
 1040281   HLA-DRB1*15:01   12   3   binary   -   -   -   -   0.418   0.778   0.753   1.000   0.418   0.778   0.530   0.852   0.697   0.963   0.753   1.000   0.697   0.963   0.697   0.963   0.697   0.963   0.698   0.963   0.753   1.000   0.641   0.926   0.698   0.963   0.283   0.722 
 1040281   HLA-DRB3*01:01   12   3   binary   0.028   0.519   0.755   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.753   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   0.754   1.000   0.753   1.000   -   - 
 1040281   HLA-DRB3*02:02   12   9   binary   -   -   -   -   -   -   0.362   0.741   0.697   0.963   0.418   0.778   0.585   0.889   0.586   0.889   0.586   0.889   0.641   0.926   0.585   0.889   0.697   0.963   0.585   0.889   0.585   0.889   -   -   -   - 
 1040281   HLA-DRB4*01:01   12   3   binary   -0.084   0.444   -0.084   0.444   0.139   0.593   0.362   0.741   0.139   0.593   0.195   0.630   0.195   0.630   -0.251   0.333   0.139   0.593   -0.474   0.185   0.028   0.519   -0.418   0.222   -0.028   0.481   -0.307   0.296   -0.084   0.444   -   - 
 1040281   HLA-DRB5*01:01   12   8   binary   -   -   0.103   0.594   -0.051   0.469   -0.154   0.406   0.051   0.531   -0.051   0.469   0.000   0.500   0.205   0.625   -0.051   0.469   0.154   0.594   -0.102   0.438   0.205   0.625   0.000   0.500   0.154   0.594   0.410   0.750   0.207   0.656 
 1041296   HLA-DRB1*01:01   14   4   ic50   0.511   0.700   0.880   0.962   0.748   0.950   0.869   1.000   0.766   0.875   0.829   0.925   0.807   0.900   0.689   0.800   0.785   0.875   0.675   0.775   0.812   0.875   0.774   0.825   0.752   0.825   0.744   0.850   0.812   0.875   0.441   0.825 
 1041296   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.064   0.500   0.231   0.625   -0.037   0.500   0.240   0.675   0.191   0.675   0.064   0.550   -0.359   0.363   0.095   0.550   -0.143   0.400   0.033   0.575   -0.095   0.450   0.055   0.575   -0.262   0.325   0.046   0.500   0.196   0.550 
 1041296   HLA-DRB1*04:05   14   2   ic50   -   -   0.508   0.583   0.741   0.875   0.684   0.833   0.248   0.542   0.248   0.583   0.218   0.500   0.125   0.583   0.262   0.542   0.297   0.708   0.209   0.583   0.266   0.812   0.402   0.542   0.341   0.708   0.490   0.583   0.442   0.667 
 1041296   HLA-DRB1*07:01   14   6   ic50   0.423   0.625   0.735   0.833   0.829   0.958   0.748   0.875   0.761   0.875   0.834   0.938   0.858   0.958   0.783   0.812   0.827   0.917   0.715   0.792   0.860   0.938   0.803   0.833   0.867   0.938   0.680   0.771   0.849   0.917   0.660   0.833 
 1041296   HLA-DRB1*08:02   14   4   ic50   -   -   0.644   0.900   0.341   0.750   0.493   0.800   0.728   0.950   0.686   0.900   0.708   0.950   0.598   0.900   0.746   0.975   0.735   0.925   0.711   0.950   0.640   0.875   0.741   0.975   0.744   0.875   0.381   0.700   0.572   0.800 
 1041296   HLA-DRB1*09:01   14   8   ic50   -0.118   0.500   0.562   0.875   0.453   0.833   0.656   0.958   0.592   0.875   0.614   0.896   0.737   0.958   0.596   0.938   0.748   0.979   0.704   0.979   0.724   0.958   0.678   0.958   0.645   0.938   0.642   0.958   0.695   0.875   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*11:01   14   8   ic50   -   -   0.764   0.875   0.793   0.854   0.837   0.875   0.758   0.875   0.807   0.896   0.807   0.896   0.604   0.688   0.776   0.875   0.670   0.729   0.793   0.896   0.688   0.729   0.833   0.896   0.684   0.729   0.722   0.792   0.726   0.896 
 1041296   HLA-DRB1*12:01   14   4   ic50   -   -   0.675   0.912   -   -   0.666   0.850   0.600   0.850   0.653   0.850   0.727   0.875   0.481   0.750   0.670   0.875   0.385   0.775   0.723   0.875   0.284   0.688   0.697   0.875   0.473   0.825   0.600   0.800   -   - 
 1041296   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   -   -   0.868   0.958   0.662   0.979   0.780   0.938   0.785   1.000   0.815   0.979   0.873   1.000   0.490   0.667   0.864   1.000   0.512   0.667   0.776   0.938   0.481   0.667   0.785   0.958   0.495   0.688   0.626   0.833   0.861   0.948