IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 12 20 3
Consensus IEDB method 51 54 49
NN-align 39 41 38
NN-align 2.3 41 40 42
NetMHCIIpan-3.1 39 35 43
NetMHCIIpan-3.2 44 39 49
NetMHCIIpan-4.0 BA 63 62 64
NetMHCIIpan-4.0 EL 44 44 45
NetMHCIIpan-4.1 BA 68 67 68
NetMHCIIpan-4.1 EL 47 47 48
NetMHCIIpan-4.2 BA 76 74 78
NetMHCIIpan-4.2 EL 56 54 59
NetMHCIIpan-4.3 BA 74 76 72
NetMHCIIpan-4.3 EL 50 51 50
SMM-align 39 39 40
Tepitope (Sturniolo) 31 33 29

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035763   HLA-DRB1*01:01   29   21   ic50   0.475   0.685   0.406   0.717   0.493   0.833   0.333   0.762   0.400   0.744   0.163   0.589   0.523   0.726   0.366   0.720   0.454   0.708   0.286   0.690   0.544   0.786   0.276   0.696   0.433   0.702   0.359   0.732   0.424   0.732   0.212   0.661 
 1040391   H2-IAb   52   18   ic50   -   -   0.443   0.675   0.479   0.652   0.442   0.693   0.445   0.663   0.455   0.678   0.555   0.770   0.348   0.612   0.559   0.763   0.368   0.641   0.519   0.732   0.331   0.601   0.540   0.740   0.352   0.595   0.418   0.637   -   - 
 1040638   HLA-DRB1*04:01   21   2   ic50   -   -   0.591   0.605   0.449   0.526   0.367   0.474   0.545   0.763   0.463   0.737   0.509   0.737   0.357   0.605   0.493   0.737   0.285   0.553   0.538   0.737   0.318   0.776   0.514   0.658   0.337   0.526   0.609   0.605   0.435   0.605 
 1041090   HLA-DRB1*04:01   24   9   ic50   -   -   0.270   0.633   0.338   0.696   0.240   0.622   0.173   0.659   0.245   0.659   0.323   0.726   0.527   0.763   0.367   0.748   0.462   0.741   0.409   0.756   0.469   0.726   0.426   0.748   0.494   0.733   0.122   0.556   0.343   0.741 
 1040686   HLA-DPA1*02:02/DPB1*05:01   1563   259   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.046   0.536   0.082   0.564   0.098   0.576   0.103   0.581   0.114   0.588   0.115   0.591   0.103   0.580   0.108   0.585   0.125   0.597   0.183   0.643   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   1258   189   binary   0.106   0.590   0.264   0.715   0.262   0.712   0.252   0.703   0.250   0.702   0.219   0.677   0.221   0.678   0.135   0.609   0.205   0.666   0.144   0.617   0.229   0.685   0.174   0.642   0.240   0.694   0.195   0.659   0.270   0.718   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*04:01   425   65   binary   -   -   -0.068   0.450   -0.086   0.431   -0.072   0.442   -0.064   0.449   -0.073   0.441   -0.064   0.449   0.022   0.523   -0.060   0.452   0.061   0.551   -0.056   0.455   0.073   0.560   -0.037   0.470   0.033   0.528   -0.069   0.445   -0.136   0.401 
 1040686   HLA-DRB1*04:04   9788   1471   binary   -   -   0.254   0.705   0.160   0.629   0.243   0.696   0.200   0.661   0.260   0.710   0.278   0.724   0.287   0.732   0.287   0.732   0.313   0.754   0.291   0.735   0.322   0.760   0.301   0.743   0.320   0.758   0.212   0.671   0.249   0.702 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   9797   1485   binary   0.207   0.667   0.319   0.756   0.299   0.741   0.311   0.750   0.276   0.723   0.308   0.748   0.326   0.763   0.326   0.762   0.327   0.764   0.329   0.765   0.327   0.764   0.335   0.770   0.334   0.769   0.323   0.760   0.314   0.753   0.235   0.689 
 1040686   HLA-DRB1*07:01   33   11   ic50   0.317   0.678   0.627   0.835   0.707   0.880   0.662   0.872   0.693   0.868   0.688   0.884   0.795   0.955   0.706   0.868   0.811   0.963   0.688   0.876   0.770   0.934   0.737   0.888   0.758   0.942   0.715   0.884   0.642   0.822   0.571   0.746 
 1040686   HLA-DRB1*08:03   1949   320   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.057   0.544   0.026   0.520   0.009   0.507   0.052   0.541   0.010   0.508   0.067   0.553   0.038   0.530   0.092   0.572   0.055   0.543   0.082   0.565   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*11:01   633   96   binary   -   -   0.078   0.566   0.045   0.536   0.098   0.579   0.011   0.509   0.087   0.570   0.111   0.589   0.154   0.626   0.109   0.588   0.156   0.627   0.122   0.598   0.161   0.632   0.138   0.611   0.154   0.625   0.047   0.539   0.057   0.555 
 1040686   HLA-DRB1*14:05   1949   333   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.179   0.637   0.255   0.696   0.217   0.666   0.210   0.662   0.242   0.686   0.250   0.692   0.266   0.704   0.260   0.700   0.271   0.708   0.248   0.690   -   -   -   - 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   9797   1485   binary   -   -   0.198   0.659   0.115   0.593   0.201   0.662   0.137   0.611   0.180   0.645   0.214   0.672   0.246   0.698   0.221   0.679   0.269   0.716   0.220   0.677   0.273   0.720   0.220   0.677   0.276   0.722   0.168   0.635   0.200   0.662 
 1040686   HLA-DRB1*15:01   33   4   ic50   -   -   0.748   0.940   0.469   0.888   0.731   0.905   0.658   0.931   0.679   0.931   0.702   0.922   0.571   0.750   0.711   0.922   0.530   0.716   0.667   0.922   0.512   0.698   0.710   0.922   0.507   0.733   0.506   0.931   0.736   0.892