IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 18 22 15
Consensus IEDB method 66 65 67
NN-align 59 57 61
NN-align 2.3 62 57 67
NetMHCIIpan-3.1 48 50 46
NetMHCIIpan-3.2 50 51 49
NetMHCIIpan-4.0 BA 65 66 63
NetMHCIIpan-4.0 EL 33 26 39
NetMHCIIpan-4.1 BA 64 68 59
NetMHCIIpan-4.1 EL 31 23 38
NetMHCIIpan-4.2 BA 68 73 63
NetMHCIIpan-4.2 EL 40 30 49
NetMHCIIpan-4.3 BA 66 71 61
NetMHCIIpan-4.3 EL 37 30 44
SMM-align 55 57 54
Tepitope (Sturniolo) 27 28 26

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039777   H2-IAb   28   2   ic50   -   -   -   -   0.566   0.865   0.411   0.942   0.545   0.788   0.493   0.846   0.571   1.000   0.602   1.000   0.576   1.000   0.590   1.000   0.555   1.000   0.588   1.000   0.530   1.000   0.527   1.000   0.485   0.808   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01   28   5   ic50   0.409   0.848   0.710   0.935   0.806   0.904   0.780   0.939   0.732   0.896   0.695   0.922   0.731   0.930   0.557   0.800   0.733   0.922   0.612   0.857   0.731   0.939   0.548   0.791   0.785   0.957   0.458   0.765   0.658   0.922   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   28   5   ic50   0.508   0.696   0.741   0.865   0.729   0.887   0.724   0.870   0.632   0.739   0.639   0.765   0.781   0.835   -   -   0.793   0.852   0.475   0.861   0.745   0.817   0.472   0.870   0.800   0.843   0.458   0.861   0.794   0.852   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   28   6   ic50   0.134   0.413   0.590   0.712   0.553   0.697   0.597   0.712   0.424   0.561   0.509   0.644   0.448   0.667   0.492   0.765   0.503   0.674   0.498   0.705   0.482   0.682   0.502   0.705   0.527   0.689   0.499   0.750   0.612   0.697   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*01:01   28   10   ic50   0.517   0.647   0.745   0.800   0.702   0.783   0.734   0.767   0.619   0.678   0.632   0.700   0.639   0.689   0.352   0.672   0.599   0.661   0.432   0.717   0.623   0.667   0.459   0.753   0.623   0.672   0.459   0.778   0.665   0.756   0.427   0.683 
 1036897   HLA-DRB1*04:01   28   13   ic50   -   -   0.575   0.762   0.372   0.785   0.386   0.703   0.530   0.785   0.458   0.718   0.605   0.785   0.590   0.785   0.587   0.779   0.606   0.795   0.567   0.759   0.620   0.826   0.555   0.764   0.650   0.821   0.630   0.826   0.567   0.710 
 1036897   HLA-DRB1*04:05   28   9   ic50   -   -   0.622   0.781   0.363   0.673   0.609   0.772   0.611   0.719   0.547   0.708   0.661   0.795   0.538   0.819   0.653   0.778   0.509   0.836   0.668   0.795   0.544   0.865   0.761   0.865   0.554   0.857   0.552   0.842   0.630   0.725 
 1036897   HLA-DRB1*07:01   28   9   ic50   0.649   0.734   0.890   0.936   0.823   0.860   0.858   0.906   0.762   0.795   0.842   0.842   0.879   0.871   0.529   0.836   0.887   0.877   0.530   0.836   0.906   0.901   0.531   0.842   0.880   0.883   0.537   0.860   0.815   0.915   0.529   0.719 
 1036897   HLA-DRB1*08:02   28   6   ic50   -   -   0.233   0.659   0.051   0.553   0.189   0.674   0.551   0.826   0.531   0.856   0.629   0.848   0.283   0.583   0.694   0.894   0.297   0.617   0.663   0.886   0.398   0.621   0.488   0.788   0.383   0.659   0.177   0.545   0.396   0.561 
 1036897   HLA-DRB1*09:01   28   20   ic50   0.546   0.684   0.731   0.831   0.716   0.863   0.753   0.863   0.643   0.781   0.726   0.831   0.735   0.819   0.413   0.675   0.799   0.850   0.600   0.800   0.812   0.856   0.609   0.794   0.782   0.844   0.604   0.781   0.597   0.819   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*11:01   28   2   ic50   -   -   0.645   0.933   0.730   0.942   0.622   0.885   0.662   0.808   0.706   0.885   0.741   0.904   0.463   0.558   0.746   0.923   0.453   0.654   0.795   0.885   0.481   0.538   0.810   0.923   0.619   0.712   0.754   0.962   0.637   0.885 
 1036897   HLA-DRB1*12:01   28   4   ic50   -   -   0.681   0.885   -   -   0.694   0.896   0.534   0.844   0.631   0.865   0.683   0.948   0.706   0.979   0.706   0.948   0.695   0.969   0.745   0.938   0.719   0.969   0.727   0.938   0.772   0.938   0.421   0.667   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*13:02   28   5   ic50   -   -   0.529   0.874   0.551   0.870   0.595   0.896   0.457   0.904   0.454   0.809   0.344   0.757   0.353   0.643   0.359   0.757   0.336   0.591   0.475   0.809   0.337   0.635   0.480   0.817   0.295   0.600   0.526   0.739   -0.051   0.739 
 1036897   HLA-DRB1*15:01   28   22   ic50   -   -   0.755   0.837   0.807   0.841   0.766   0.871   0.683   0.811   0.804   0.871   0.812   0.886   0.485   0.697   0.765   0.871   0.467   0.697   0.811   0.871   0.481   0.727   0.779   0.856   0.468   0.758   0.787   0.818   0.717   0.769 
 1036897   HLA-DRB3*01:01   28   4   ic50   0.428   0.896   0.732   0.979   0.539   0.854   0.746   0.979   0.659   0.948   0.697   0.958   0.599   0.802   0.390   0.802   0.592   0.792   0.426   0.792   0.637   0.833   0.413   0.833   0.642   0.854   0.532   0.823   0.614   0.865   -   - 
 1036897   HLA-DRB4*01:01   28   14   ic50   0.397   0.765   0.651   0.872   0.647   0.852   0.662   0.888   0.616   0.867   0.581   0.837   0.542   0.816   0.470   0.798   0.544   0.821   0.404   0.760   0.479   0.776   0.517   0.804   0.549   0.781   0.465   0.763   0.689   0.949   -   - 
 1036897   HLA-DRB5*01:01   28   8   ic50   -   -   0.681   0.850   0.659   0.881   0.723   0.825   0.699   0.888   0.704   0.862   0.661   0.825   0.451   0.722   0.660   0.819   0.396   0.663   0.705   0.850   0.443   0.713   0.634   0.819   0.423   0.694   0.515   0.787   0.489   0.728 
 1035763   HLA-DRB1*01:01   29   21   ic50   0.475   0.685   0.406   0.717   0.493   0.833   0.333   0.762   0.400   0.744   0.163   0.589   0.523   0.726   0.366   0.720   0.454   0.708   0.286   0.690   0.544   0.786   0.276   0.696   0.433   0.702   0.359   0.732   0.424   0.732   0.212   0.661 
 1040391   H2-IAb   52   18   ic50   -   -   0.443   0.675   0.479   0.652   0.442   0.693   0.445   0.663   0.455   0.678   0.555   0.770   0.348   0.612   0.559   0.763   0.368   0.641   0.519   0.732   0.331   0.601   0.540   0.740   0.352   0.595   0.418   0.637   -   - 
 1040638   HLA-DRB1*04:01   21   2   ic50   -   -   0.591   0.605   0.449   0.526   0.367   0.474   0.545   0.763   0.463   0.737   0.509   0.737   0.357   0.605   0.493   0.737   0.285   0.553   0.538   0.737   0.318   0.776   0.514   0.658   0.337   0.526   0.609   0.605   0.435   0.605