IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 17 12 21
Consensus IEDB method 66 64 68
NN-align 59 62 57
NN-align 2.3 67 65 69
NetMHCIIpan-3.1 46 49 44
NetMHCIIpan-3.2 62 62 62
NetMHCIIpan-4.0 BA 62 59 64
NetMHCIIpan-4.0 EL 34 27 41
NetMHCIIpan-4.1 BA 64 65 63
NetMHCIIpan-4.1 EL 35 29 41
NetMHCIIpan-4.2 BA 65 66 63
NetMHCIIpan-4.2 EL 41 35 46
NetMHCIIpan-4.3 BA 70 68 71
NetMHCIIpan-4.3 EL 35 30 40
SMM-align 47 48 47
Tepitope (Sturniolo) 38 36 40

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1038973   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   25   binary   0.347   0.768   0.444   0.844   0.532   0.912   -   -   0.481   0.872   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.840   -   - 
 1038973   HLA-DRB1*04:01   180   90   binary   -   -   0.304   0.677   0.347   0.701   -   -   0.275   0.659   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.235   0.636   0.238   0.639 
 1039545   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   14   2   ic50   -   -   -   -   -   -   0.638   0.708   0.238   0.542   0.460   0.625   0.449   0.625   0.244   0.875   0.511   0.667   0.629   0.958   0.520   0.667   0.503   0.979   0.567   0.708   0.189   0.708   -   -   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   14   2   ic50   0.336   0.875   0.801   0.917   0.647   0.625   0.775   0.875   0.779   0.792   0.793   0.833   0.762   0.917   0.567   0.958   0.669   0.917   0.625   0.917   0.687   0.958   0.667   0.958   0.748   1.000   0.621   0.958   0.766   0.917   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   14   2   ic50   0.101   0.688   0.852   1.000   0.811   0.958   0.879   1.000   0.753   0.958   0.784   1.000   0.753   1.000   0.286   1.000   0.708   1.000   0.473   1.000   0.744   1.000   0.443   1.000   0.627   1.000   0.569   0.917   0.826   1.000   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   14   2   ic50   0.655   0.938   0.757   1.000   0.897   0.917   0.816   1.000   0.753   0.875   0.838   0.958   0.843   0.917   0.470   0.875   0.838   0.917   0.452   0.875   0.928   0.958   0.510   0.875   0.888   0.958   0.524   0.875   0.780   0.917   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*01:01   14   12   ic50   0.331   0.958   0.645   0.958   0.662   0.958   0.612   0.917   0.730   0.958   0.785   0.958   0.785   0.958   0.801   0.833   0.856   0.958   0.817   0.833   0.741   0.958   0.836   0.875   0.693   1.000   0.781   0.708   0.202   0.667   0.496   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.392   0.825   0.393   0.825   0.516   0.850   0.719   0.900   0.723   0.925   0.635   0.925   0.692   0.875   0.648   0.925   0.684   0.875   0.657   0.975   0.749   0.950   0.710   0.975   0.702   0.950   0.231   0.750   0.344   0.713 
 1039545   HLA-DRB1*04:05   14   3   ic50   -   -   0.812   0.909   0.811   0.848   0.714   1.000   0.793   1.000   0.829   0.909   0.793   0.939   0.481   0.788   0.807   0.970   0.449   0.818   0.644   0.909   0.477   0.788   0.714   0.970   0.516   0.818   0.741   0.788   0.782   0.909 
 1039545   HLA-DRB1*07:01   14   8   ic50   0.697   1.000   0.791   1.000   0.780   0.979   0.802   1.000   0.846   1.000   0.874   0.958   0.643   0.812   0.811   0.896   0.665   0.854   0.764   0.854   0.795   0.938   0.716   0.812   0.857   1.000   0.736   0.812   0.692   0.917   0.667   0.885 
 1039545   HLA-DRB1*08:02   14   8   ic50   -   -   0.358   0.583   0.508   0.729   0.301   0.667   0.868   0.958   0.613   0.896   0.543   0.812   0.327   0.688   0.688   0.875   0.323   0.688   0.499   0.750   0.314   0.667   0.552   0.771   0.314   0.646   0.367   0.688   0.417   0.542 
 1039545   HLA-DRB1*09:01   14   7   ic50   0.112   0.357   0.682   0.786   0.459   0.612   0.745   0.735   0.679   0.735   0.833   0.878   0.829   0.857   0.842   0.959   0.807   0.857   0.908   0.959   0.873   0.878   0.873   0.959   0.877   0.878   0.886   0.980   0.257   0.592   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*11:01   14   11   ic50   -   -   0.577   0.864   0.757   1.000   0.739   0.939   0.717   0.970   0.774   0.970   0.719   0.939   0.295   0.697   0.759   0.909   0.235   0.636   0.759   0.939   0.213   0.636   0.750   0.970   0.185   0.636   0.691   1.000   0.344   0.758 
 1039545   HLA-DRB1*12:01   14   3   ic50   -   -   0.785   0.970   -   -   0.854   1.000   0.594   0.788   0.700   0.939   0.664   0.970   0.245   0.848   0.629   0.970   0.236   0.788   0.722   0.970   0.320   0.879   0.753   0.970   0.329   0.848   0.664   0.909   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*13:02   14   3   ic50   -   -   0.714   0.879   0.757   0.939   0.791   1.000   0.778   0.939   0.746   1.000   0.746   0.970   0.323   0.667   0.622   0.970   0.064   0.515   0.622   0.970   0.037   0.485   0.748   1.000   -0.037   0.455   0.693   0.879   0.032   0.500 
 1039545   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   -   -   0.653   0.938   0.609   0.833   0.710   0.771   0.433   0.833   0.684   0.875   0.569   0.750   0.319   0.542   0.613   0.771   0.358   0.542   0.582   0.771   0.393   0.583   0.644   0.771   0.464   0.625   0.701   0.938   0.391   0.896 
 1039545   HLA-DRB3*01:01   14   5   ic50   0.183   0.556   0.711   0.889   0.662   0.911   0.719   0.844   0.591   0.889   0.657   0.933   0.543   0.889   0.222   0.711   0.543   0.889   0.138   0.689   0.552   0.911   0.218   0.733   0.688   0.911   -0.282   0.556   0.587   0.933   -   - 
 1039545   HLA-DRB3*02:02   14   3   ic50   -   -   -   -   -   -   0.554   0.879   0.207   0.758   0.658   1.000   0.521   1.000   0.629   0.848   0.451   0.970   0.695   0.909   0.543   0.970   0.636   0.848   0.726   0.970   0.537   0.788   -   -   -   - 
 1039545   HLA-DRB4*01:01   14   2   ic50   0.441   0.500   0.659   0.750   0.693   0.917   0.669   1.000   0.493   0.875   0.612   0.875   0.603   0.792   0.530   0.875   0.700   0.875   0.651   0.917   0.689   0.958   0.706   0.917   0.583   1.000   0.612   0.917   0.669   0.750   -   - 
 1039545   HLA-DRB5*01:01   14   9   ic50   -   -   0.713   0.933   0.767   0.956   0.741   0.978   0.732   0.978   0.771   0.978   0.798   0.978   0.727   0.889   0.820   0.978   0.714   0.822   0.807   0.978   0.736   0.844   0.758   0.978   0.741   0.822   0.666   0.889   0.710   0.878 
 1039423   HLA-DRB1*01:01   43   28   ic50   0.232   0.595   0.656   0.781   0.558   0.773   0.711   0.821   0.648   0.786   0.622   0.798   0.622   0.781   0.361   0.617   0.637   0.788   0.355   0.624   0.610   0.774   0.368   0.621   0.664   0.810   0.356   0.630   0.570   0.695   0.425   0.668 
 1039423   HLA-DRB1*03:03   43   5   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.327   0.679   0.393   0.768   0.408   0.732   0.104   0.663   0.275   0.668   0.109   0.647   0.291   0.647   0.095   0.637   0.358   0.689   0.096   0.637   -   -   -   - 
 1039423   HLA-DRB1*04:01   43   4   ic50   -   -   0.457   0.885   0.438   0.827   0.365   0.917   0.391   0.801   0.393   0.923   0.373   0.865   0.138   0.840   0.398   0.859   0.142   0.853   0.352   0.859   0.164   0.840   0.376   0.878   0.194   0.859   0.480   0.846   0.436   0.792 
 1039423   HLA-DRB1*07:01   43   9   ic50   0.228   0.699   0.434   0.797   0.487   0.791   0.441   0.781   0.321   0.722   0.431   0.781   0.492   0.807   0.208   0.755   0.496   0.804   0.217   0.771   0.452   0.778   0.214   0.784   0.419   0.771   0.205   0.761   0.344   0.709   0.562   0.828 
 1039423   HLA-DRB1*08:01   43   2   ic50   -   -   0.400   0.817   -   -   0.449   0.744   0.343   0.500   0.338   0.720   0.385   0.732   0.390   0.744   0.419   0.732   0.412   0.756   0.430   0.683   0.438   0.744   0.389   0.695   0.432   0.707   -   -   0.405   0.817 
 1039423   HLA-DRB1*11:01   43   9   ic50   -   -   0.477   0.763   0.372   0.614   0.371   0.660   0.337   0.605   0.342   0.644   0.396   0.647   0.279   0.605   0.413   0.650   0.275   0.605   0.393   0.634   0.291   0.614   0.358   0.627   0.263   0.611   0.326   0.683   0.488   0.773 
 1039423   HLA-DRB1*15:01   43   14   ic50   -   -   0.678   0.840   0.534   0.756   0.640   0.803   0.422   0.690   0.531   0.736   0.683   0.842   0.510   0.879   0.686   0.835   0.517   0.847   0.667   0.830   0.488   0.833   0.668   0.813   0.534   0.847   0.523   0.739   0.578   0.837 
 1039777   H2-IAb   28   2   ic50   -   -   -   -   0.566   0.865   0.411   0.942   0.545   0.788   0.493   0.846   0.571   1.000   0.602   1.000   0.576   1.000   0.590   1.000   0.555   1.000   0.588   1.000   0.530   1.000   0.527   1.000   0.485   0.808   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01   28   5   ic50   0.409   0.848   0.710   0.935   0.806   0.904   0.780   0.939   0.732   0.896   0.695   0.922   0.731   0.930   0.557   0.800   0.733   0.922   0.612   0.857   0.731   0.939   0.548   0.791   0.785   0.957   0.458   0.765   0.658   0.922   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   28   5   ic50   0.508   0.696   0.741   0.865   0.729   0.887   0.724   0.870   0.632   0.739   0.639   0.765   0.781   0.835   -   -   0.793   0.852   0.475   0.861   0.745   0.817   0.472   0.870   0.800   0.843   0.458   0.861   0.794   0.852   -   - 
 1036897   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   28   6   ic50   0.134   0.413   0.590   0.712   0.553   0.697   0.597   0.712   0.424   0.561   0.509   0.644   0.448   0.667   0.492   0.765   0.503   0.674   0.498   0.705   0.482   0.682   0.502   0.705   0.527   0.689   0.499   0.750   0.612   0.697   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*01:01   28   10   ic50   0.517   0.647   0.745   0.800   0.702   0.783   0.734   0.767   0.619   0.678   0.632   0.700   0.639   0.689   0.352   0.672   0.599   0.661   0.432   0.717   0.623   0.667   0.459   0.753   0.623   0.672   0.459   0.778   0.665   0.756   0.427   0.683 
 1036897   HLA-DRB1*04:01   28   13   ic50   -   -   0.575   0.762   0.372   0.785   0.386   0.703   0.530   0.785   0.458   0.718   0.605   0.785   0.590   0.785   0.587   0.779   0.606   0.795   0.567   0.759   0.620   0.826   0.555   0.764   0.650   0.821   0.630   0.826   0.567   0.710 
 1036897   HLA-DRB1*04:05   28   9   ic50   -   -   0.622   0.781   0.363   0.673   0.609   0.772   0.611   0.719   0.547   0.708   0.661   0.795   0.538   0.819   0.653   0.778   0.509   0.836   0.668   0.795   0.544   0.865   0.761   0.865   0.554   0.857   0.552   0.842   0.630   0.725 
 1036897   HLA-DRB1*07:01   28   9   ic50   0.649   0.734   0.890   0.936   0.823   0.860   0.858   0.906   0.762   0.795   0.842   0.842   0.879   0.871   0.529   0.836   0.887   0.877   0.530   0.836   0.906   0.901   0.531   0.842   0.880   0.883   0.537   0.860   0.815   0.915   0.529   0.719 
 1036897   HLA-DRB1*08:02   28   6   ic50   -   -   0.233   0.659   0.051   0.553   0.189   0.674   0.551   0.826   0.531   0.856   0.629   0.848   0.283   0.583   0.694   0.894   0.297   0.617   0.663   0.886   0.398   0.621   0.488   0.788   0.383   0.659   0.177   0.545   0.396   0.561 
 1036897   HLA-DRB1*09:01   28   20   ic50   0.546   0.684   0.731   0.831   0.716   0.863   0.753   0.863   0.643   0.781   0.726   0.831   0.735   0.819   0.413   0.675   0.799   0.850   0.600   0.800   0.812   0.856   0.609   0.794   0.782   0.844   0.604   0.781   0.597   0.819   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*11:01   28   2   ic50   -   -   0.645   0.933   0.730   0.942   0.622   0.885   0.662   0.808   0.706   0.885   0.741   0.904   0.463   0.558   0.746   0.923   0.453   0.654   0.795   0.885   0.481   0.538   0.810   0.923   0.619   0.712   0.754   0.962   0.637   0.885 
 1036897   HLA-DRB1*12:01   28   4   ic50   -   -   0.681   0.885   -   -   0.694   0.896   0.534   0.844   0.631   0.865   0.683   0.948   0.706   0.979   0.706   0.948   0.695   0.969   0.745   0.938   0.719   0.969   0.727   0.938   0.772   0.938   0.421   0.667   -   - 
 1036897   HLA-DRB1*13:02   28   5   ic50   -   -   0.529   0.874   0.551   0.870   0.595   0.896   0.457   0.904   0.454   0.809   0.344   0.757   0.353   0.643   0.359   0.757   0.336   0.591   0.475   0.809   0.337   0.635   0.480   0.817   0.295   0.600   0.526   0.739   -0.051   0.739 
 1036897   HLA-DRB1*15:01   28   22   ic50   -   -   0.755   0.837   0.807   0.841   0.766   0.871   0.683   0.811   0.804   0.871   0.812   0.886   0.485   0.697   0.765   0.871   0.467   0.697   0.811   0.871   0.481   0.727   0.779   0.856   0.468   0.758   0.787   0.818   0.717   0.769 
 1036897   HLA-DRB3*01:01   28   4   ic50   0.428   0.896   0.732   0.979   0.539   0.854   0.746   0.979   0.659   0.948   0.697   0.958   0.599   0.802   0.390   0.802   0.592   0.792   0.426   0.792   0.637   0.833   0.413   0.833   0.642   0.854   0.532   0.823   0.614   0.865   -   - 
 1036897   HLA-DRB4*01:01   28   14   ic50   0.397   0.765   0.651   0.872   0.647   0.852   0.662   0.888   0.616   0.867   0.581   0.837   0.542   0.816   0.470   0.798   0.544   0.821   0.404   0.760   0.479   0.776   0.517   0.804   0.549   0.781   0.465   0.763   0.689   0.949   -   - 
 1036897   HLA-DRB5*01:01   28   8   ic50   -   -   0.681   0.850   0.659   0.881   0.723   0.825   0.699   0.888   0.704   0.862   0.661   0.825   0.451   0.722   0.660   0.819   0.396   0.663   0.705   0.850   0.443   0.713   0.634   0.819   0.423   0.694   0.515   0.787   0.489   0.728