IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 10 13 8
Consensus IEDB method 66 68 65
NN-align 68 67 69
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 58 59 57
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 49 48 50
Tepitope (Sturniolo) 21 18 25

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037798   HLA-DRB1*01:01   49   28   ic50   0.628   0.841   0.720   0.854   0.740   0.855   -   -   0.798   0.896   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.672   0.827   0.455   0.738 
 1037798   HLA-DRB1*04:01   49   7   ic50   -   -   0.602   0.903   0.620   0.837   -   -   0.745   0.918   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.491   0.793   0.321   0.811 
 1037798   HLA-DRB1*04:05   49   10   ic50   -   -   0.753   0.899   0.732   0.877   -   -   0.720   0.821   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.684   0.774   0.564   0.906 
 1037798   HLA-DRB1*07:01   49   24   ic50   0.608   0.876   0.866   0.975   0.870   0.977   -   -   0.718   0.923   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.738   0.905   0.347   0.733 
 1037798   HLA-DRB1*08:02   49   15   ic50   -   -   0.583   0.799   0.679   0.849   -   -   0.807   0.947   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.312   0.665   0.482   0.771 
 1037798   HLA-DRB1*09:01   49   23   ic50   0.109   0.558   0.552   0.759   0.571   0.769   -   -   0.499   0.717   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.387   0.672   -   - 
 1037798   HLA-DRB1*11:01   49   15   ic50   -   -   0.734   0.976   0.780   0.984   -   -   0.709   0.931   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.716   0.967   0.517   0.873 
 1037798   HLA-DRB1*12:01   49   7   ic50   -   -   0.522   0.942   -   -   -   -   0.411   0.915   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.338   0.850   -   - 
 1037798   HLA-DRB1*13:02   49   5   ic50   -   -   0.606   0.936   0.516   0.955   -   -   0.480   0.923   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.548   0.836   0.292   0.636 
 1037798   HLA-DRB1*15:01   49   31   ic50   -   -   0.736   0.948   0.791   0.950   -   -   0.674   0.921   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.753   0.955   0.559   0.838 
 1037798   HLA-DRB3*01:01   49   16   ic50   0.186   0.605   0.550   0.843   0.662   0.888   -   -   0.660   0.869   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.508   0.812   -   - 
 1037798   HLA-DRB3*02:02   49   5   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.496   0.736   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1037798   HLA-DRB4*01:01   49   11   ic50   0.093   0.555   0.450   0.798   0.543   0.821   -   -   0.443   0.737   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.852   -   - 
 1037798   HLA-DRB5*01:01   49   23   ic50   -   -   0.755   0.866   0.783   0.875   -   -   0.838   0.893   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.721   0.843   0.412   0.754 
 1037883   HLA-DRB1*01:01   62   34   binary   0.302   0.678   0.396   0.733   0.503   0.792   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.251   0.646   0.364   0.713 
 1037883   HLA-DRB1*04:01   62   32   binary   -   -   0.501   0.789   0.422   0.744   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.514   0.797   0.426   0.748 
 1037883   HLA-DRB1*07:01   62   27   binary   0.414   0.741   0.678   0.895   0.606   0.853   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.637   0.871   0.536   0.815 
 1037883   HLA-DRB1*15:01   62   22   binary   -   -   0.590   0.868   0.590   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.501   0.802   0.408   0.753 
 1038478   HLA-DRB1*15:01   19   16   binary   -   -   0.132   0.604   0.369   0.792   -   -   0.553   0.938   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.237   0.688   -0.106   0.417 
 1038237   HLA-DRB1*01:01   18   3   ic50   -0.011   0.633   0.382   0.811   0.350   0.756   -   -   0.401   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.463   0.867   0.588   0.867 
 1038237   HLA-DRB1*04:01   18   8   ic50   -   -   0.366   0.762   0.245   0.713   -   -   0.197   0.625   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.358   0.725   0.293   0.738 
 1038237   HLA-DRB1*04:05   18   6   ic50   -   -   0.595   0.819   0.587   0.778   -   -   0.509   0.764   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.643   0.861   0.311   0.736 
 1038237   HLA-DRB1*07:01   18   6   ic50   0.750   0.861   0.649   0.854   0.534   0.889   -   -   0.655   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.680   0.903   0.541   0.875 
 1038237   HLA-DRB1*08:02   18   2   ic50   -   -   0.300   0.922   0.238   0.875   -   -   0.366   0.969   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.278   0.938   0.211   0.906 
 1038237   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   -0.367   0.384   0.540   0.946   0.581   1.000   -   -   0.534   0.964   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.461   0.964   -   - 
 1038237   HLA-DRB1*15:01   18   8   ic50   -   -   0.700   0.887   0.461   0.812   -   -   0.470   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.738   0.900   0.551   0.800 
 1038237   HLA-DRB3*01:01   18   3   ic50   -0.024   0.578   0.789   0.989   0.755   0.956   -   -   0.834   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.888   1.000   -   - 
 1038237   HLA-DRB4*01:01   18   4   ic50   0.246   0.804   0.465   0.929   0.574   0.964   -   -   0.555   0.857   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.539   0.875   -   - 
 1038973   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   25   binary   0.347   0.768   0.444   0.844   0.532   0.912   -   -   0.481   0.872   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.840   -   - 
 1038973   HLA-DRB1*04:01   180   90   binary   -   -   0.304   0.677   0.347   0.701   -   -   0.275   0.659   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.235   0.636   0.238   0.639