IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 21 26 17
Consensus IEDB method 60 55 66
NN-align 78 68 87
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 60 57 63
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 54 58 50
Tepitope (Sturniolo) 27 20 33

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035907   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   9   binary   0.391   0.762   0.593   0.873   0.719   0.952   -   -   0.651   0.910   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.550   0.847   -   - 
 1036372   HLA-DRB1*03:01   42   2   binary   -   -   0.180   0.838   0.263   0.912   -   -   0.291   0.894   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.254   0.894   0.065   0.769 
 1036417   HLA-DRB1*01:01   14   5   ic50   0.506   0.800   0.820   1.000   0.832   1.000   -   -   0.872   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.779   1.000   0.518   0.811 
 1036417   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.650   0.725   0.466   0.650   -   -   0.717   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.709   0.750   0.689   0.738 
 1036417   HLA-DRB1*04:04   14   4   ic50   -   -   0.829   0.950   0.860   1.000   -   -   0.838   0.950   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.771   0.900   0.770   0.812 
 1036417   HLA-DRB1*04:05   14   2   ic50   -   -   0.625   0.667   0.660   0.708   -   -   0.647   0.667   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.650   0.625   0.555   0.542 
 1036417   HLA-DRB1*07:01   14   4   ic50   0.671   0.725   0.808   0.875   0.759   0.950   -   -   0.698   0.850   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.810   0.950   0.676   0.775 
 1036417   HLA-DRB1*08:02   14   2   ic50   -   -   -0.084   0.667   0.173   0.792   -   -   0.164   0.750   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.176   0.583   -0.181   0.667 
 1036417   HLA-DRB1*09:01   14   4   ic50   0.108   0.700   0.663   0.800   0.581   0.875   -   -   0.492   0.750   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.638   0.750   -   - 
 1036417   HLA-DRB1*10:01   14   4   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.582   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   HLA-DRB1*11:01   14   3   ic50   -   -   0.582   1.000   0.602   1.000   -   -   0.371   0.939   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.634   0.970   0.551   0.788 
 1036417   HLA-DRB1*15:01   14   5   ic50   -   -   0.579   0.778   0.757   1.000   -   -   0.554   0.778   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.435   0.622   0.553   0.778 
 1036417   HLA-DRB3*02:02   14   2   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.530   0.708   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   HLA-DRB4*01:01   14   4   ic50   -0.084   0.625   0.466   0.800   0.638   0.850   -   -   0.638   0.850   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.400   0.650   -   - 
 1036417   HLA-DRB5*01:01   14   4   ic50   -   -   0.645   0.850   0.590   0.700   -   -   0.546   0.675   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.695   0.800   0.341   0.600 
 1036489   HLA-DRB1*01:01   10   2   ic50   0.836   0.938   0.733   0.938   0.601   1.000   -   -   0.683   0.938   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.696   1.000   0.840   1.000 
 1036489   HLA-DRB1*15:02   10   2   ic50   -   -   0.688   1.000   -   -   -   -   0.701   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.685   1.000 
 1036884   HLA-DRB1*01:01   65   2   binary   -0.123   0.294   -0.090   0.349   -0.014   0.476   -   -   -0.005   0.492   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.024   0.460   0.005   0.647 
 1036884   HLA-DRB1*04:01   65   9   binary   -   -   -0.066   0.474   -0.078   0.435   -   -   -0.038   0.468   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.040   0.466   -0.076   0.467 
 1036884   HLA-DRB1*04:02   65   3   binary   -   -   -0.004   0.540   -   -   -   -   -0.039   0.446   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.006   0.548 
 1036884   HLA-DRB1*04:04   65   6   binary   -   -   0.067   0.606   0.071   0.571   -   -   -0.051   0.449   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.008   0.492   0.098   0.624 
 1036884   HLA-DRB1*07:01   65   3   binary   0.143   0.726   0.113   0.763   0.113   0.656   -   -   -0.055   0.425   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.039   0.554   0.016   0.618