IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 6 8 5
Consensus IEDB method 50 48 51
NN-align 75 72 78
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 86 84 88
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 49 51 46
Tepitope (Sturniolo) 8 10 7

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1030414   HLA-DQA1*01:03/DQB1*06:03   18   2   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.020   0.875   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1030414   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   18   4   ic50   0.423   0.830   0.702   0.991   0.622   0.964   -   -   0.550   0.982   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.722   0.946   -   - 
 1030414   HLA-DRB1*01:01   18   13   ic50   0.062   0.400   0.577   0.738   0.691   0.862   -   -   0.629   0.785   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.577   0.738   0.302   0.715 
 1030414   HLA-DRB1*04:01   18   6   ic50   -   -   0.136   0.681   0.227   0.722   -   -   0.405   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.067   0.625   -0.266   0.542 
 1030414   HLA-DRB1*07:01   18   10   ic50   0.262   0.731   0.796   0.931   0.734   0.825   -   -   0.690   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.730   0.838   0.482   0.775 
 1030414   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   -0.145   0.339   0.353   1.000   0.341   1.000   -   -   0.518   0.946   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.461   0.911   -   - 
 1030414   HLA-DRB1*11:01   17   3   ic50   -   -   0.561   0.869   0.543   0.929   -   -   0.647   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.633   1.000   0.581   0.786 
 1030414   HLA-DRB1*15:01   18   4   ic50   -   -   0.443   0.714   0.515   0.821   -   -   0.459   0.804   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.429   0.732   0.258   0.554 
 1030414   HLA-DRB1*15:02   18   3   ic50   -   -   0.384   0.556   -   -   -   -   0.409   0.667   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.387   0.556 
 1030865   HLA-DRB1*01:01   14   5   ic50   0.180   0.556   0.512   0.822   0.468   0.822   -   -   0.534   0.911   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.077   0.522   -0.062   0.589 
 1030032   HLA-DRB1*01:01   108   68   ic50   -0.239   0.416   0.192   0.577   0.472   0.749   -   -   0.628   0.818   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.222   0.594   -0.035   0.471 
 1030032   HLA-DRB1*03:01   124   104   ic50   -   -   0.258   0.640   0.316   0.697   -   -   0.338   0.744   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.097   0.613   0.235   0.565 
 1030032   HLA-DRB1*04:01   132   109   ic50   -   -   0.206   0.603   0.413   0.803   -   -   0.549   0.830   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.209   0.590   0.041   0.444 
 1030032   HLA-DRB1*07:01   148   127   ic50   0.011   0.433   0.380   0.550   0.610   0.730   -   -   0.684   0.778   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.313   0.633   -0.368   0.158 
 1030032   HLA-DRB1*08:02   142   120   ic50   -   -   -0.154   0.315   0.320   0.705   -   -   0.439   0.736   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.188   0.385   -0.411   0.279 
 1030032   HLA-DRB1*11:01   121   108   ic50   -   -   0.096   0.292   0.688   0.931   -   -   0.657   0.945   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.516   0.866   -0.183   0.154 
 1030032   HLA-DRB1*13:02   134   127   ic50   -   -   0.527   0.765   0.606   0.910   -   -   0.620   0.903   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.422   0.756   -0.281   0.280 
 1030032   HLA-DRB1*15:01   120   75   ic50   -   -   -0.101   0.385   0.586   0.757   -   -   0.541   0.770   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.009   0.471   -0.392   0.257 
 1031120   HLA-DRB1*03:01   27   9   binary   -   -   -0.005   0.500   -0.066   0.463   -   -   -0.025   0.488   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.126   0.432   0.086   0.562 
 1031250   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   10   2   ic50   -0.236   0.250   0.224   0.750   0.273   0.812   -   -   0.224   0.812   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.382   1.000   -   -