IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 57 57 57
ANN 4.0 64 63 64
ARB 58 58 58
IEDB Consensus 58 57 58
NetMHCcons 66 65 66
NetMHCpan 2.8 66 65 66
NetMHCpan 3.0 71 71 71
NetMHCpan 4.0 BA 69 69 69
NetMHCpan 4.0 EL 28 28 28
NetMHCpan 4.1 BA 77 77 77
NetMHCpan 4.1 EL 13 13 13
PickPocket 42 42 42
SMM 55 54 56
SMMPMBEC 69 69 69
mhcflurry 1.2.0 44 44 44

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1042741   HLA-A*02:01   9   18   2   binary   0.477   0.938   0.443   0.906   0.477   0.938   0.443   0.906   0.443   0.906   0.443   0.906   0.341   0.812   0.341   0.812   0.409   0.875   0.375   0.844   0.460   0.922   0.307   0.781   0.443   0.906   0.477   0.938   0.477   0.938 
 1042741   HLA-A*02:01   10   22   7   binary   0.638   0.895   0.654   0.905   0.731   0.952   0.754   0.971   0.685   0.924   0.669   0.914   0.669   0.914   0.638   0.895   0.423   0.762   0.638   0.895   0.231   0.643   0.701   0.933   0.731   0.952   0.761   0.971   0.561   0.848 
 1042741   HLA-A*11:01   10   26   17   binary   0.631   0.882   0.749   0.954   0.685   0.915   0.717   0.935   0.652   0.895   0.674   0.908   0.760   0.961   0.738   0.948   0.523   0.817   0.728   0.941   0.016   0.510   0.507   0.810   0.684   0.915   0.706   0.928   0.663   0.902 
 1042741   HLA-A*24:02   9   10   8   binary   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.522   0.875   0.609   0.938   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.435   0.812   0.609   0.938   -0.174   0.375   0.609   0.938   0.609   0.938   0.522   0.875   0.435   0.812 
 1042741   HLA-A*24:02   10   10   5   binary   0.661   0.880   0.870   1.000   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.870   1.000   0.870   1.000   0.768   0.940   0.870   1.000   0.244   0.640   0.803   0.960   0.522   0.800   0.731   0.920   0.661   0.880 
 1042741   HLA-A*33:03   9   20   4   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.672   0.984   0.672   0.984   0.694   1.000   0.694   1.000   0.650   0.969   0.694   1.000   0.564   0.906   0.412   0.820   -   -   -   -   -   - 
 1042741   HLA-A*33:03   10   28   6   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.571   0.902   0.571   0.902   0.625   0.939   0.625   0.939   0.420   0.795   0.657   0.962   0.237   0.667   0.459   0.822   -   -   -   -   -   - 
 1042685   HLA-A*02:01   9   196   164   binary   0.532   0.915   0.529   0.913   0.516   0.903   0.509   0.897   0.536   0.919   0.535   0.918   0.532   0.915   0.534   0.917   0.522   0.907   0.534   0.917   0.517   0.904   0.530   0.914   0.522   0.908   0.525   0.910   0.529   0.913