IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 59 58 59
ANN 4.0 55 57 53
ARB 18 15 21
IEDB Consensus 48 48 48
NetMHCcons 71 71 71
NetMHCpan 2.8 43 43 44
NetMHCpan 3.0 56 55 56
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 25 24 27
SMM 53 51 55
SMMPMBEC 53 51 54
mhcflurry 1.2.0 55 58 52

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028228   HLA-C*03:03   9   163   120   ic50   0.849   0.935   0.865   0.947   -   -   0.855   0.946   0.842   0.931   0.797   0.905   0.825   0.924   -   -   -   -   -   -   -   -   0.806   0.905   0.854   0.946   0.842   0.936   0.778   0.873 
 1028229   HLA-C*04:01   9   153   18   ic50   0.581   1.000   0.563   0.998   -   -   0.550   0.976   0.590   0.998   0.457   0.904   0.484   0.937   -   -   -   -   -   -   -   -   0.394   0.853   0.556   0.972   0.586   0.996   0.404   0.851 
 1028230   HLA-C*05:01   9   172   68   ic50   0.940   0.999   0.916   0.993   -   -   0.912   0.996   0.925   0.997   0.863   0.968   0.892   0.976   -   -   -   -   -   -   -   -   0.836   0.946   0.911   0.996   0.899   0.990   0.803   0.906 
 1028231   HLA-C*06:02   9   100   46   ic50   0.909   0.980   0.872   0.959   -   -   0.910   0.977   0.902   0.971   0.865   0.947   0.874   0.956   -   -   -   -   -   -   -   -   0.819   0.932   0.915   0.982   0.902   0.976   0.771   0.899 
 1028232   HLA-C*07:02   9   140   82   ic50   0.890   0.969   0.850   0.947   -   -   0.921   0.963   0.876   0.973   0.814   0.951   0.812   0.957   -   -   -   -   -   -   -   -   0.762   0.909   0.921   0.961   0.914   0.965   0.673   0.860 
 1028233   HLA-C*08:02   9   87   32   ic50   0.879   0.963   0.810   0.918   -   -   0.794   0.917   0.858   0.957   0.746   0.905   0.767   0.920   -   -   -   -   -   -   -   -   0.646   0.831   0.791   0.915   0.786   0.924   0.597   0.794 
 1028234   HLA-C*14:02   9   218   170   ic50   0.877   0.926   0.813   0.910   -   -   0.768   0.877   0.850   0.915   0.746   0.865   0.766   0.874   -   -   -   -   -   -   -   -   0.670   0.829   0.766   0.875   0.784   0.879   0.742   0.883 
 1028235   HLA-C*15:02   9   181   56   ic50   0.873   0.967   0.842   0.933   -   -   0.857   0.940   0.853   0.965   0.748   0.918   0.768   0.941   -   -   -   -   -   -   -   -   0.737   0.870   0.846   0.940   0.861   0.941   0.699   0.896 
 1028282   HLA-A*01:01   9   100   41   t1/2   0.768   0.888   0.782   0.901   0.721   0.861   0.744   0.875   0.777   0.895   0.772   0.890   0.773   0.895   -   -   -   -   -   -   -   -   0.609   0.861   0.766   0.880   0.762   0.888   0.795   0.862 
 1028285   HLA-A*02:01   9   881   549   t1/2   0.695   0.854   0.702   0.857   0.654   0.822   0.684   0.841   0.708   0.859   0.707   0.858   0.707   0.861   -   -   -   -   -   -   -   -   0.681   0.839   0.697   0.851   0.694   0.849   0.711   0.865 
 1028285   HLA-A*02:01   10   62   37   t1/2   0.385   0.677   0.412   0.689   0.449   0.681   0.398   0.686   0.452   0.725   0.465   0.731   0.441   0.704   -   -   -   -   -   -   -   -   0.434   0.684   0.405   0.688   0.393   0.682   0.422   0.695 
 1028285   HLA-A*02:01   11   38   21   t1/2   0.202   0.669   0.017   0.499   0.104   0.653   0.356   0.752   0.215   0.655   0.155   0.599   0.179   0.583   -   -   -   -   -   -   -   -   0.319   0.686   0.357   0.751   0.197   0.689   0.339   0.703 
 1028286   HLA-C*12:03   9   172   145   ic50   0.649   0.687   0.651   0.718   -   -   0.522   0.575   0.631   0.711   0.520   0.705   0.544   0.709   -   -   -   -   -   -   -   -   0.434   0.648   0.522   0.574   0.607   0.610   0.634   0.807 
 1028287   HLA-A*11:01   9   577   342   t1/2   0.756   0.888   0.743   0.886   0.710   0.869   0.777   0.899   0.776   0.896   0.770   0.890   0.776   0.894   -   -   -   -   -   -   -   -   0.597   0.807   0.784   0.901   0.783   0.901   0.803   0.911 
 1028287   HLA-A*11:01   11   15   7   t1/2   0.591   0.705   0.805   0.857   -   -   0.725   0.786   0.630   0.750   0.664   0.768   0.787   0.839   -   -   -   -   -   -   -   -   0.773   0.875   0.764   0.804   0.825   0.857   0.794   0.839 
 1028288   HLA-A*03:01   9   861   332   t1/2   0.616   0.803   0.604   0.795   0.603   0.803   0.630   0.817   0.645   0.817   0.645   0.817   0.624   0.807   -   -   -   -   -   -   -   -   0.519   0.754   0.636   0.824   0.633   0.823   0.759   0.869 
 1028289   HLA-A*24:02   9   573   249   t1/2   0.700   0.850   0.699   0.856   0.637   0.826   0.695   0.859   0.724   0.864   0.697   0.852   0.703   0.859   -   -   -   -   -   -   -   -   0.694   0.855   0.696   0.860   0.704   0.860   0.705   0.850 
 1028289   HLA-A*24:02   10   11   6   t1/2   0.664   0.767   0.645   0.733   -0.036   0.367   0.389   0.633   0.764   0.833   0.845   0.900   0.755   0.833   -   -   -   -   -   -   -   -   0.827   0.933   0.455   0.667   0.582   0.767   0.691   0.733 
 1028290   HLA-A*26:01   9   272   85   t1/2   0.692   0.855   0.670   0.843   0.605   0.848   0.649   0.841   0.697   0.859   0.684   0.853   0.690   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   0.535   0.796   0.673   0.861   0.674   0.859   0.727   0.858 
 1028291   HLA-B*07:02   8   16   6   t1/2   0.638   0.792   0.542   0.783   -0.198   0.467   0.556   0.750   0.642   0.817   0.607   0.850   0.629   0.833   -   -   -   -   -   -   -   -   0.517   0.717   0.434   0.700   0.596   0.783   0.518   0.750 
 1028291   HLA-B*07:02   9   599   377   t1/2   0.711   0.886   0.716   0.882   0.546   0.784   0.675   0.864   0.722   0.889   0.710   0.880   0.716   0.883   -   -   -   -   -   -   -   -   0.542   0.796   0.708   0.877   0.706   0.875   0.708   0.877 
 1028291   HLA-B*07:02   10   26   16   t1/2   0.415   0.653   0.455   0.625   0.364   0.637   0.615   0.697   0.365   0.625   0.297   0.606   0.394   0.612   -   -   -   -   -   -   -   -   0.177   0.531   0.610   0.713   0.585   0.700   0.436   0.644 
 1028291   HLA-B*07:02   11   17   10   t1/2   0.339   0.700   0.484   0.800   -   -   0.262   0.686   0.405   0.729   0.436   0.729   0.545   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   0.431   0.700   0.168   0.614   0.178   0.514   0.406   0.757 
 1028292   HLA-B*35:01   8   10   4   t1/2   -0.081   0.542   -0.119   0.458   0.468   0.792   0.119   0.583   0.000   0.583   0.075   0.667   -0.069   0.458   -   -   -   -   -   -   -   -   0.638   0.917   0.088   0.583   -0.381   0.375   0.500   0.792 
 1028292   HLA-B*35:01   9   550   223   t1/2   0.616   0.830   0.607   0.820   0.465   0.733   0.513   0.768   0.625   0.836   0.609   0.830   0.618   0.833   -   -   -   -   -   -   -   -   0.612   0.836   0.552   0.793   0.556   0.797   0.687   0.849 
 1028292   HLA-B*35:01   10   15   5   t1/2   0.161   0.740   0.374   0.800   -0.083   0.520   0.117   0.700   0.218   0.740   0.202   0.700   0.408   0.840   -   -   -   -   -   -   -   -   0.311   0.720   0.117   0.700   0.166   0.680   0.486   0.720 
 1028292   HLA-B*35:01   11   17   4   t1/2   0.035   0.462   -0.049   0.462   -   -   -0.280   0.577   0.250   0.596   0.308   0.654   -0.025   0.462   -   -   -   -   -   -   -   -   0.598   0.615   -0.280   0.577   -0.626   0.404   0.287   0.558 
 1028293   HLA-B*15:01   9   1070   855   t1/2   0.429   0.734   0.447   0.748   0.286   0.625   0.379   0.691   0.463   0.759   0.460   0.762   0.469   0.781   -   -   -   -   -   -   -   -   0.261   0.622   0.441   0.729   0.444   0.726   0.546   0.818 
 1028294   HLA-B*40:01   9   302   30   t1/2   0.588   0.659   0.587   0.650   0.454   0.666   0.550   0.674   0.564   0.642   0.528   0.615   0.522   0.623   -   -   -   -   -   -   -   -   0.452   0.614   0.549   0.673   0.532   0.656   0.595   0.651