IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 64 60 67
ANN 4.0 56 50 62
ARB 31 34 27
IEDB Consensus 48 44 53
NetMHCcons 69 70 68
NetMHCpan 2.8 60 58 62
NetMHCpan 3.0 65 62 69
NetMHCpan 4.0 BA 68 66 70
NetMHCpan 4.0 EL 45 39 52
NetMHCpan 4.1 BA 73 67 78
NetMHCpan 4.1 EL 34 33 36
PickPocket 34 39 30
SMM 46 46 46
SMMPMBEC 50 50 50
mhcflurry 1.2.0 63 60 66

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1042741   HLA-A*02:01   9   18   2   binary   0.477   0.938   0.443   0.906   0.477   0.938   0.443   0.906   0.443   0.906   0.443   0.906   0.341   0.812   0.341   0.812   0.409   0.875   0.375   0.844   0.460   0.922   0.307   0.781   0.443   0.906   0.477   0.938   0.477   0.938 
 1042741   HLA-A*02:01   10   22   7   binary   0.638   0.895   0.654   0.905   0.731   0.952   0.754   0.971   0.685   0.924   0.669   0.914   0.669   0.914   0.638   0.895   0.423   0.762   0.638   0.895   0.231   0.643   0.701   0.933   0.731   0.952   0.761   0.971   0.561   0.848 
 1042741   HLA-A*11:01   10   26   17   binary   0.631   0.882   0.749   0.954   0.685   0.915   0.717   0.935   0.652   0.895   0.674   0.908   0.760   0.961   0.738   0.948   0.523   0.817   0.728   0.941   0.016   0.510   0.507   0.810   0.684   0.915   0.706   0.928   0.663   0.902 
 1042741   HLA-A*24:02   9   10   8   binary   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.522   0.875   0.609   0.938   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.435   0.812   0.609   0.938   -0.174   0.375   0.609   0.938   0.609   0.938   0.522   0.875   0.435   0.812 
 1042741   HLA-A*24:02   10   10   5   binary   0.661   0.880   0.870   1.000   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.870   1.000   0.870   1.000   0.768   0.940   0.870   1.000   0.244   0.640   0.803   0.960   0.522   0.800   0.731   0.920   0.661   0.880 
 1042741   HLA-A*33:03   9   20   4   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.672   0.984   0.672   0.984   0.694   1.000   0.694   1.000   0.650   0.969   0.694   1.000   0.564   0.906   0.412   0.820   -   -   -   -   -   - 
 1042741   HLA-A*33:03   10   28   6   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.571   0.902   0.571   0.902   0.625   0.939   0.625   0.939   0.420   0.795   0.657   0.962   0.237   0.667   0.459   0.822   -   -   -   -   -   - 
 1042685   HLA-A*02:01   9   196   164   binary   0.532   0.915   0.529   0.913   0.516   0.903   0.509   0.897   0.536   0.919   0.535   0.918   0.532   0.915   0.534   0.917   0.522   0.907   0.534   0.917   0.517   0.904   0.530   0.914   0.522   0.908   0.525   0.910   0.529   0.913 
 1042344   HLA-A*02:01   9   12   10   binary   0.324   0.750   0.389   0.800   0.065   0.550   0.162   0.625   0.194   0.650   0.130   0.600   0.259   0.700   0.259   0.700   0.130   0.600   0.259   0.700   0.065   0.550   0.196   0.650   0.130   0.600   0.130   0.600   0.259   0.700 
 1042751   HLA-A*01:01   9   17   15   ic50   0.799   0.967   0.816   1.000   0.644   0.767   0.796   1.000   0.830   0.967   0.826   1.000   0.749   0.900   0.764   0.867   0.511   0.767   0.717   0.933   0.592   0.767   0.634   0.833   0.757   0.967   0.700   0.900   0.759   0.933 
 1042751   HLA-A*01:01   10   10   8   ic50   0.939   1.000   0.818   1.000   0.867   0.875   0.717   0.875   0.952   0.938   0.952   0.938   0.806   0.875   0.818   0.875   0.744   0.875   0.879   1.000   0.842   1.000   0.879   0.812   0.697   0.812   0.782   0.750   0.903   0.938 
 1042751   HLA-A*02:01   9   107   96   ic50   0.742   0.841   0.738   0.839   0.613   0.739   0.651   0.787   0.754   0.834   0.746   0.820   0.787   0.837   0.779   0.827   0.679   0.772   0.792   0.833   0.673   0.813   0.584   0.753   0.685   0.806   0.696   0.820   0.714   0.800 
 1042751   HLA-A*02:01   10   65   46   ic50   0.745   0.892   0.684   0.858   0.582   0.835   0.700   0.886   0.751   0.892   0.743   0.890   0.682   0.854   0.673   0.851   0.587   0.815   0.670   0.846   0.569   0.773   0.655   0.847   0.630   0.842   0.618   0.850   0.702   0.857 
 1042751   HLA-A*02:01   11   17   14   ic50   -0.002   0.333   -0.170   0.500   -0.411   0.048   0.191   0.500   0.071   0.286   0.142   0.333   0.001   0.690   0.134   0.762   0.455   0.810   0.269   0.833   0.310   0.786   0.112   0.286   0.465   0.690   0.281   0.571   0.103   0.357 
 1042751   HLA-A*03:01   9   19   14   ic50   0.769   0.914   0.751   0.943   0.537   0.871   0.755   0.943   0.756   0.929   0.761   0.957   0.749   0.957   0.739   0.957   0.575   0.886   0.744   0.957   0.646   0.914   0.715   0.879   0.751   0.943   0.739   0.929   0.723   0.986 
 1042751   HLA-A*03:01   10   23   13   ic50   0.888   0.969   0.799   0.838   0.805   0.854   0.878   0.908   0.855   0.954   0.806   0.908   0.734   0.777   0.743   0.777   0.629   0.777   0.711   0.754   0.621   0.762   0.723   0.846   0.863   0.908   0.850   0.908   0.847   0.962 
 1042751   HLA-A*11:01   9   12   9   ic50   0.692   1.000   0.699   1.000   0.727   0.963   0.669   1.000   0.706   1.000   0.720   1.000   0.867   1.000   0.867   1.000   0.797   1.000   0.839   1.000   0.727   0.963   0.790   0.889   0.699   1.000   0.699   1.000   0.720   1.000 
 1042751   HLA-A*11:01   10   18   10   ic50   0.882   0.938   0.678   0.850   0.445   0.775   0.765   0.912   0.874   0.900   0.845   0.875   0.781   0.887   0.827   0.938   0.707   0.912   0.833   0.950   0.717   0.887   0.567   0.750   0.750   0.912   0.744   0.887   0.934   0.988 
 1042751   HLA-A*24:02   9   13   10   ic50   0.665   0.833   0.599   0.833   0.571   0.733   0.708   0.833   0.692   0.867   0.648   0.867   0.604   0.867   0.742   0.900   0.824   0.900   0.747   0.900   0.828   0.883   0.764   0.767   0.703   0.767   0.670   0.767   0.659   0.800 
 1042751   HLA-A*24:02   10   10   6   ic50   0.818   0.875   0.491   0.750   0.830   0.875   0.794   0.875   0.842   0.875   0.794   0.833   0.564   0.833   0.515   0.750   0.479   0.833   0.636   0.833   0.321   0.792   0.818   0.792   0.842   0.875   0.903   0.958   0.806   0.833 
 1042751   HLA-A*68:01   10   11   9   ic50   0.482   0.833   0.327   0.778   0.255   0.667   0.497   0.833   0.574   0.833   0.545   0.833   0.545   0.889   0.573   0.833   0.700   0.889   0.618   0.889   0.518   0.722   0.364   0.778   0.573   0.889   0.555   0.889   0.491   0.778 
 1042751   HLA-B*07:02   9   11   9   ic50   0.473   0.778   0.409   0.722   0.527   0.833   0.406   0.611   0.527   0.833   0.509   0.833   0.691   0.778   0.591   0.833   0.318   0.833   0.673   0.833   0.427   0.833   0.191   0.611   0.318   0.556   0.518   0.722   0.518   0.778 
 1042751   HLA-B*08:01   9   26   23   ic50   0.649   0.696   0.627   0.696   0.529   0.652   0.507   0.667   0.669   0.703   0.664   0.696   0.711   0.783   0.749   0.884   -0.023   0.420   0.723   0.797   0.109   0.464   0.295   0.471   0.518   0.667   0.572   0.696   0.599   0.739 
 1042751   HLA-B*44:02   9   17   8   ic50   0.444   0.625   0.647   0.708   0.029   0.347   0.313   0.549   0.395   0.569   0.343   0.542   0.559   0.681   0.559   0.653   0.387   0.542   0.571   0.653   0.405   0.549   0.301   0.514   0.245   0.500   0.206   0.458   0.480   0.681 
 1042751   HLA-B*44:02   10   19   7   ic50   0.739   0.821   0.635   0.810   0.521   0.690   0.683   0.774   0.796   0.893   0.807   0.905   0.781   0.857   0.853   0.905   0.858   0.893   0.812   0.869   0.793   0.857   0.807   0.893   0.698   0.774   0.668   0.750   0.725   0.833 
 1042995   H-2-Db   9   13   2   ic50   0.225   0.682   0.352   0.773   0.401   0.545   0.215   0.591   0.324   0.682   0.297   0.727   0.500   0.909   0.242   0.773   0.302   0.909   0.231   0.864   0.352   0.909   0.333   0.818   0.269   0.636   0.324   0.682   0.665   1.000 
 1042995   H-2-Kb   8   14   2   ic50   0.349   0.917   0.116   0.917   -0.310   0.292   0.135   0.833   0.218   0.917   -0.187   0.583   0.002   0.833   0.222   0.917   0.244   0.917   0.174   0.917   0.191   0.875   -0.046   0.542   0.068   0.667   0.116   0.708   0.591   0.917