IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 62 61 63
ANN 4.0 60 60 61
ARB 48 48 48
IEDB Consensus 58 59 58
NetMHCcons 65 64 66
NetMHCpan 2.8 59 59 60
NetMHCpan 3.0 64 63 65
NetMHCpan 4.0 BA 61 60 62
NetMHCpan 4.0 EL 37 37 37
NetMHCpan 4.1 BA 74 73 75
NetMHCpan 4.1 EL 32 32 32
PickPocket 46 45 46
SMM 54 52 56
SMMPMBEC 73 73 74
mhcflurry 1.2.0 51 51 51

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1042224   H-2-Db   10   57   33   binary   0.572   0.835   0.460   0.769   0.475   0.778   0.538   0.814   0.532   0.812   0.503   0.794   0.408   0.739   0.458   0.768   0.436   0.755   0.488   0.785   0.517   0.802   0.431   0.753   0.510   0.798   0.572   0.835   0.540   0.816 
 1042224   H-2-Kb   10   57   20   binary   0.599   0.862   0.704   0.926   0.594   0.859   0.696   0.924   0.610   0.869   0.545   0.830   0.706   0.927   0.715   0.932   0.686   0.915   0.715   0.932   0.708   0.928   0.409   0.747   0.608   0.868   0.623   0.877   0.617   0.873 
 1042276   HLA-A*02:01   9   345   198   binary   -0.029   0.483   -0.035   0.480   -0.044   0.474   -0.037   0.479   -0.043   0.476   -0.051   0.470   -0.026   0.485   -0.023   0.487   -0.045   0.474   -0.025   0.485   -0.007   0.497   -0.006   0.497   -0.030   0.483   -0.026   0.485   -0.051   0.470 
 1042273   HLA-A*23:01   9   17   14   binary   0.158   0.619   0.220   0.667   0.315   0.738   0.189   0.643   0.189   0.643   0.189   0.643   0.157   0.619   0.157   0.619   0.205   0.655   0.220   0.667   0.221   0.667   0.252   0.690   0.189   0.643   0.220   0.667   0.220   0.667 
 1042273   HLA-A*68:01   9   15   10   binary   0.655   0.900   0.655   0.900   0.624   0.880   0.655   0.900   0.655   0.900   0.589   0.860   0.622   0.880   0.589   0.860   -0.033   0.480   0.589   0.860   0.327   0.700   0.655   0.900   0.622   0.880   0.655   0.900   0.655   0.900 
 1042273   HLA-B*07:02   9   19   15   binary   0.707   1.000   0.684   0.983   0.684   0.983   0.685   0.983   0.707   1.000   0.707   1.000   0.707   1.000   0.707   1.000   0.707   1.000   0.707   1.000   0.707   1.000   0.637   0.950   0.707   1.000   0.707   1.000   0.613   0.933 
 1042273   HLA-B*08:01   9   23   20   binary   0.487   0.917   0.467   0.900   0.370   0.817   0.470   0.900   0.467   0.900   0.506   0.933   0.525   0.950   0.467   0.900   0.487   0.917   0.487   0.917   0.448   0.883   0.526   0.950   0.467   0.900   0.467   0.900   0.467   0.900 
 1042741   HLA-A*02:01   9   18   2   binary   0.477   0.938   0.443   0.906   0.477   0.938   0.443   0.906   0.443   0.906   0.443   0.906   0.341   0.812   0.341   0.812   0.409   0.875   0.375   0.844   0.460   0.922   0.307   0.781   0.443   0.906   0.477   0.938   0.477   0.938 
 1042741   HLA-A*02:01   10   22   7   binary   0.638   0.895   0.654   0.905   0.731   0.952   0.754   0.971   0.685   0.924   0.669   0.914   0.669   0.914   0.638   0.895   0.423   0.762   0.638   0.895   0.231   0.643   0.701   0.933   0.731   0.952   0.761   0.971   0.561   0.848 
 1042741   HLA-A*11:01   10   26   17   binary   0.631   0.882   0.749   0.954   0.685   0.915   0.717   0.935   0.652   0.895   0.674   0.908   0.760   0.961   0.738   0.948   0.523   0.817   0.728   0.941   0.016   0.510   0.507   0.810   0.684   0.915   0.706   0.928   0.663   0.902 
 1042741   HLA-A*24:02   9   10   8   binary   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.522   0.875   0.609   0.938   0.609   0.938   0.435   0.812   0.435   0.812   0.435   0.812   0.609   0.938   -0.174   0.375   0.609   0.938   0.609   0.938   0.522   0.875   0.435   0.812 
 1042741   HLA-A*24:02   10   10   5   binary   0.661   0.880   0.870   1.000   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.731   0.920   0.870   1.000   0.870   1.000   0.768   0.940   0.870   1.000   0.244   0.640   0.803   0.960   0.522   0.800   0.731   0.920   0.661   0.880 
 1042741   HLA-A*33:03   9   20   4   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.672   0.984   0.672   0.984   0.694   1.000   0.694   1.000   0.650   0.969   0.694   1.000   0.564   0.906   0.412   0.820   -   -   -   -   -   - 
 1042741   HLA-A*33:03   10   28   6   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.571   0.902   0.571   0.902   0.625   0.939   0.625   0.939   0.420   0.795   0.657   0.962   0.237   0.667   0.459   0.822   -   -   -   -   -   - 
 1042685   HLA-A*02:01   9   196   164   binary   0.532   0.915   0.529   0.913   0.516   0.903   0.509   0.897   0.536   0.919   0.535   0.918   0.532   0.915   0.534   0.917   0.522   0.907   0.534   0.917   0.517   0.904   0.530   0.914   0.522   0.908   0.525   0.910   0.529   0.913