IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 64 62 65
ANN 4.0 64 63 65
ARB 48 47 49
IEDB Consensus 71 70 72
NetMHCcons 60 59 61
NetMHCpan 2.8 60 58 61
NetMHCpan 3.0 68 67 68
NetMHCpan 4.0 BA 60 59 60
NetMHCpan 4.0 EL 46 45 47
NetMHCpan 4.1 BA 66 65 66
NetMHCpan 4.1 EL 51 51 51
PickPocket 57 56 58
SMM 56 54 58
SMMPMBEC 57 55 60
mhcflurry 1.2.0 58 56 60

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1040281   HLA-A*01:01   9   16   2   binary   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.575   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   -   -   0.574   1.000   0.574   1.000   0.578   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000 
 1040281   HLA-A*02:01   9   16   10   binary   0.448   0.767   0.504   0.800   0.476   0.783   0.406   0.750   0.392   0.733   0.448   0.767   0.392   0.733   0.392   0.733   -   -   0.392   0.733   0.448   0.767   0.519   0.808   0.448   0.767   0.448   0.767   0.392   0.733 
 1040281   HLA-A*02:03   9   16   7   binary   0.342   0.698   0.424   0.746   0.424   0.746   0.396   0.730   0.424   0.746   0.533   0.810   0.506   0.794   0.506   0.794   0.533   0.810   0.506   0.794   0.506   0.794   0.506   0.794   0.342   0.698   0.342   0.698   0.451   0.762 
 1040281   HLA-A*03:01   9   16   4   binary   0.595   0.896   0.626   0.917   0.532   0.854   0.626   0.917   0.564   0.875   0.564   0.875   0.470   0.812   0.470   0.812   0.438   0.792   0.532   0.854   0.470   0.812   0.220   0.646   0.501   0.833   0.532   0.854   0.470   0.812 
 1040281   HLA-A*11:01   9   16   3   binary   0.261   0.692   0.261   0.692   0.330   0.744   0.226   0.718   0.191   0.641   0.191   0.641   0.295   0.718   0.122   0.590   -0.191   0.359   0.052   0.538   0.087   0.564   0.435   0.821   0.261   0.692   0.191   0.641   0.365   0.769 
 1040281   HLA-A*23:01   9   16   6   binary   0.756   0.950   0.812   0.983   0.756   0.950   0.812   0.983   0.812   0.983   0.840   1.000   0.840   1.000   0.812   0.983   0.588   0.850   0.812   0.983   0.420   0.750   0.785   0.967   0.812   0.983   0.784   0.967   0.784   0.967 
 1040281   HLA-A*24:02   9   16   3   binary   0.156   0.615   0.122   0.590   -0.017   0.487   0.156   0.615   0.122   0.590   0.156   0.615   0.191   0.641   0.191   0.641   0.191   0.641   0.226   0.667   0.052   0.538   0.017   0.513   0.087   0.564   0.122   0.590   0.156   0.615 
 1040281   HLA-A*31:01   9   16   2   binary   0.123   0.607   0.082   0.571   0.041   0.536   0.164   0.643   -   -   -0.123   0.393   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.082   0.429   -0.041   0.464   -0.164   0.357   0.000   0.500   0.164   0.643   -   -   0.041   0.536 
 1040281   HLA-B*15:01   9   16   7   binary   0.260   0.651   0.396   0.730   0.041   0.524   0.343   0.698   0.328   0.690   0.451   0.762   0.478   0.778   0.424   0.746   0.506   0.794   0.424   0.746   0.506   0.794   0.438   0.762   0.287   0.667   0.287   0.667   0.287   0.667 
 1040281   HLA-B*40:01   9   16   2   binary   0.574   1.000   0.574   1.000   0.369   0.821   0.576   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.451   0.893   0.574   1.000   0.410   0.857   0.574   1.000   0.574   1.000   -   -   0.574   1.000 
 1040281   HLA-B*44:02   9   16   7   binary   -0.342   0.302   -0.342   0.302   -0.369   0.286   -0.342   0.302   -0.369   0.286   -0.451   0.238   -0.178   0.397   -0.287   0.333   -0.123   0.429   -0.396   0.270   0.150   0.587   -0.150   0.413   -0.424   0.254   -0.314   0.317   -0.287   0.333 
 1040281   HLA-B*44:03   9   16   2   binary   -0.287   0.250   -0.164   0.357   -0.208   0.375   -0.369   0.179   -0.308   0.250   -0.246   0.286   0.041   0.536   -   -   -0.410   0.143   -0.205   0.321   -0.328   0.214   0.082   0.571   -0.574   0.000   -0.246   0.286   -0.164   0.357 
 1041542   HLA-A*02:01   9   34   26   binary   0.329   0.724   0.325   0.721   0.325   0.721   0.330   0.724   0.325   0.721   0.325   0.721   0.339   0.731   0.318   0.716   0.481   0.827   0.339   0.731   0.509   0.846   0.290   0.697   0.318   0.716   0.318   0.716   0.318   0.716 
 1041542   HLA-A*11:01   9   12   10   binary   0.650   1.000   0.518   0.900   0.648   1.000   0.584   0.950   0.648   1.000   0.389   0.800   0.453   0.850   0.453   0.850   0.583   0.950   0.518   0.900   0.518   0.900   0.649   1.000   0.583   0.950   0.648   1.000   0.518   0.900 
 1032718   HLA-A*02:01   10   10   2   binary   0.522   0.875   0.435   0.812   0.696   1.000   0.524   0.875   0.435   0.812   0.348   0.750   0.522   0.875   0.522   0.875   0.087   0.562   0.435   0.812   0.087   0.562   0.522   0.875   0.522   0.875   0.522   0.875   0.522   0.875 
 1042224   H-2-Db   10   57   33   binary   0.572   0.835   0.460   0.769   0.475   0.778   0.538   0.814   0.532   0.812   0.503   0.794   0.408   0.739   0.458   0.768   0.436   0.755   0.488   0.785   0.517   0.802   0.431   0.753   0.510   0.798   0.572   0.835   0.540   0.816 
 1042224   H-2-Kb   10   57   20   binary   0.599   0.862   0.704   0.926   0.594   0.859   0.696   0.924   0.610   0.869   0.545   0.830   0.706   0.927   0.715   0.932   0.686   0.915   0.715   0.932   0.708   0.928   0.409   0.747   0.608   0.868   0.623   0.877   0.617   0.873 
 1042276   HLA-A*02:01   9   345   198   binary   -0.029   0.483   -0.035   0.480   -0.044   0.474   -0.037   0.479   -0.043   0.476   -0.051   0.470   -0.026   0.485   -0.023   0.487   -0.045   0.474   -0.025   0.485   -0.007   0.497   -0.006   0.497   -0.030   0.483   -0.026   0.485   -0.051   0.470