IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 48 47 50
ANN 4.0 64 64 64
ARB 42 33 51
IEDB Consensus 58 61 56
NetMHCcons 61 60 63
NetMHCpan 2.8 54 53 55
NetMHCpan 3.0 74 76 73
NetMHCpan 4.0 BA 76 82 71
NetMHCpan 4.0 EL 36 36 35
NetMHCpan 4.1 BA 76 78 75
NetMHCpan 4.1 EL 26 26 26
PickPocket 41 38 45
SMM 52 52 51
SMMPMBEC 62 59 64
mhcflurry 1.2.0 33 33 32

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039752   HLA-A*03:01   9   24   16   ic50   0.236   0.641   0.196   0.586   0.351   0.672   0.187   0.488   0.251   0.648   0.217   0.625   0.272   0.594   0.262   0.625   0.471   0.727   0.278   0.648   -   -   -0.056   0.500   0.083   0.395   0.085   0.406   0.222   0.539 
 1039752   HLA-B*27:05   9   25   21   ic50   0.411   0.851   0.316   0.690   0.054   0.750   0.481   0.690   0.445   0.869   0.438   0.810   0.359   0.726   0.486   0.702   0.146   0.524   0.279   0.643   0.147   0.565   0.071   0.548   0.458   0.869   0.394   0.917   0.217   0.714 
 1040276   HLA-A*02:01   9   21   14   binary   0.551   0.837   0.500   0.806   0.367   0.724   0.393   0.755   0.551   0.837   0.534   0.827   0.500   0.806   0.500   0.806   0.350   0.714   0.551   0.837   0.350   0.714   0.450   0.776   0.392   0.750   0.467   0.786   0.150   0.592 
 1040276   HLA-A*02:01   10   11   7   binary   -0.060   0.464   0.179   0.607   0.060   0.536   0.120   0.571   -0.120   0.429   -0.120   0.429   0.418   0.750   0.179   0.607   0.060   0.536   0.179   0.607   0.120   0.571   -0.299   0.321   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.179   0.393 
 1038337   HLA-A*26:01   9   13   2   binary   -0.057   0.455   0.057   0.545   -0.171   0.364   -0.171   0.364   -0.114   0.409   -0.114   0.409   -0.228   0.318   0.000   0.500   -0.114   0.409   -0.057   0.455   -0.285   0.273   -0.456   0.136   -0.342   0.227   -0.228   0.318   0.057   0.545 
 1038337   HLA-A*26:01   10   11   2   binary   0.075   0.556   0.149   0.611   -0.037   0.667   0.187   0.806   0.000   0.500   0.000   0.500   0.149   0.611   0.224   0.667   -0.149   0.389   0.224   0.667   -0.037   0.500   0.157   0.750   0.298   0.722   0.149   0.611   0.298   0.722 
 1016643   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.759   0.956   0.832   1.000   0.721   0.933   0.834   1.000   0.795   0.978   0.795   0.978   0.832   1.000   0.832   1.000   0.721   0.933   0.832   1.000   0.721   0.933   0.795   0.978   0.832   1.000   0.832   1.000   0.795   0.978 
 1040736   HLA-C*08:02   9   17   14   binary   0.567   0.929   0.598   0.952   -   -   0.584   0.940   0.630   0.976   0.630   0.976   0.630   0.976   0.598   0.952   0.598   0.952   0.598   0.952   0.567   0.929   0.661   1.000   0.505   0.881   0.661   1.000   0.504   0.881