IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 58 58 57
ANN 4.0 45 43 47
ARB 49 45 54
IEDB Consensus 51 47 54
NetMHCcons 69 70 68
NetMHCpan 2.8 63 63 63
NetMHCpan 3.0 53 57 49
NetMHCpan 4.0 BA 72 75 69
NetMHCpan 4.0 EL 15 14 15
NetMHCpan 4.1 BA 80 83 78
NetMHCpan 4.1 EL 40 40 40
PickPocket 52 51 54
SMM 59 57 62
SMMPMBEC 61 59 63
mhcflurry 1.2.0 49 46 52

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035929   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   -0.229   0.406   -0.217   0.438   0.098   0.531   0.176   0.516   -0.175   0.469   -0.147   0.469   -0.189   0.406   -0.238   0.375   -0.385   0.188   -0.259   0.438   -0.559   0.125   -0.270   0.359   0.105   0.531   0.084   0.500   -0.182   0.469 
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   0.463   0.778   0.499   0.800   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   0.425   0.756   0.499   0.800   0.499   0.800   0.592   0.856   0.426   0.756   0.425   0.756   0.203   0.622 
 1036593   HLA-A*03:01   10   11   7   binary   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   0.418   0.750   0.657   0.893   0.478   0.786   0.478   0.786   0.598   0.857   0.359   0.714   0.598   0.857   0.538   0.821   0.717   0.929   0.478   0.786   0.418   0.750   0.418   0.750 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.462   0.767   0.751   0.933   0.577   0.833   0.577   0.833   0.608   0.867   0.635   0.867   0.693   0.900 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   0.540   0.811   0.558   0.822   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   0.327   0.689   0.616   0.856   0.423   0.744   0.616   0.856   0.577   0.833   0.597   0.844   0.712   0.911 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   0.513   0.812   0.717   0.938   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   0.666   0.906   0.768   0.969   0.717   0.938   0.256   0.656   0.410   0.750   0.512   0.812   0.666   0.906 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.423   0.750   0.338   0.700   0.254   0.650   0.571   0.838   0.338   0.700   0.296   0.675   0.127   0.575   0.254   0.650   0.085   0.550   0.296   0.675   0.211   0.625   0.127   0.575   0.507   0.800   0.592   0.850   -0.085   0.450 
 1037140   HLA-A*02:01   9   12   3   ic50   0.557   0.815   0.592   0.889   0.588   0.926   0.582   0.889   0.616   0.852   0.595   0.852   0.634   0.852   0.683   0.889   0.123   0.741   0.644   0.889   0.543   0.778   0.599   0.889   0.630   0.926   0.630   0.926   0.585   0.889 
 1037261   HLA-B*07:02   9   52   50   binary   0.200   0.800   0.233   0.850   0.033   0.550   0.258   0.885   0.187   0.780   0.200   0.800   0.187   0.780   0.193   0.790   0.157   0.735   0.200   0.800   0.187   0.780   0.167   0.750   0.267   0.900   0.267   0.900   0.253   0.880