IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 86 93 79
ANN 4.0 77 64 89
ARB 23 11 36
IEDB Consensus 54 54 54
NetMHCcons 71 73 70
NetMHCpan 2.8 65 66 65
NetMHCpan 3.0 81 80 82
NetMHCpan 4.0 BA 65 68 62
NetMHCpan 4.0 EL 55 56 55
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 21 21 21
SMM 30 29 32
SMMPMBEC 29 32 25
mhcflurry 1.2.0 83 80 87

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1034799   H-2-Db   9   46   42   ic50   0.736   0.988   0.714   0.964   0.565   0.952   0.643   0.935   0.731   0.958   0.675   0.940   0.728   0.952   0.717   0.946   0.631   0.905   -   -   -   -   0.496   0.810   0.616   0.893   0.648   0.917   0.787   0.964 
 1034799   H-2-Kb   8   34   31   ic50   0.679   0.903   0.651   0.925   0.580   0.839   0.662   0.914   0.671   0.914   0.665   0.914   0.635   0.903   0.642   0.882   0.556   0.828   -   -   -   -   0.513   0.806   0.639   0.903   0.623   0.871   0.644   0.925 
 315301   HLA-B*39:09   9   10   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   -   -   -   -   0.798   1.000   -   -   -   -   -   - 
 1034596   HLA-A*02:01   9   10   8   binary   0.087   0.562   0.087   0.562   0.261   0.688   0.088   0.562   0.087   0.562   0.000   0.500   0.087   0.562   0.087   0.562   0.000   0.500   -   -   -   -   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562 
 1035634   HLA-C*12:02   9   16   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.643   0.974   0.643   0.974   0.677   1.000   0.643   0.974   0.677   1.000   -   -   -   -   0.469   0.846   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:01   9   16   12   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.658   0.938   0.658   0.938   0.532   0.854   0.470   0.812   0.501   0.833   -   -   -   -   0.454   0.802   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   0.553   0.938   -   -   -   -   0.422   0.833   -   -   -   -   0.606   0.979