IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 77 72 83
ANN 4.0 59 55 62
ARB 11 5 17
IEDB Consensus 58 59 58
NetMHCcons 77 77 77
NetMHCpan 2.8 65 65 66
NetMHCpan 3.0 58 58 57
NetMHCpan 4.0 BA 93 100 86
NetMHCpan 4.0 EL 89 79 100
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 41 31 51
SMM 52 43 61
SMMPMBEC 61 58 65
mhcflurry 1.2.0 55 53 57

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1029957   HLA-B*38:01   9   27   11   ic50   0.842   1.000   0.819   0.977   0.098   0.653   0.839   0.983   0.841   1.000   0.801   0.960   0.808   0.955   -   -   -   -   -   -   -   -   0.784   0.966   0.836   0.989   0.839   0.994   0.798   0.949 
 1029957   HLA-B*39:06   9   33   21   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.590   0.806   0.590   0.806   0.554   0.790   -   -   -   -   -   -   -   -   0.542   0.750   -   -   -   -   0.793   0.925 
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   -   -   -   -   -   -   -   -   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.205   0.679   0.123   0.607   0.041   0.536   0.041   0.536   -   -   -   -   -   -   -   -   0.205   0.679   0.205   0.679   0.574   1.000   -0.123   0.393 
 1031253   HLA-A*03:01   9   14   9   ic50   0.727   0.889   0.793   0.956   0.473   0.711   0.730   0.900   0.758   0.911   0.780   0.933   0.767   0.933   -   -   -   -   -   -   -   -   0.710   0.956   0.692   0.867   0.754   0.911   0.833   0.956 
 1031253   HLA-B*07:02   9   13   7   ic50   0.960   1.000   0.977   1.000   0.889   1.000   0.974   1.000   0.974   1.000   0.966   1.000   0.966   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.875   1.000   0.960   1.000   0.971   1.000   0.960   1.000 
 1031253   HLA-B*27:05   9   12   7   ic50   0.595   0.686   0.581   0.686   0.462   0.600   0.488   0.657   0.616   0.657   0.592   0.629   0.567   0.629   -   -   -   -   -   -   -   -   0.487   0.600   0.445   0.629   0.456   0.600   0.708   0.714 
 1031959   HLA-B*27:05   8   97   30   binary   -0.056   0.465   -0.035   0.478   -0.041   0.476   -0.076   0.457   -0.041   0.479   -0.017   0.490   -0.022   0.486   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.023   0.487   -0.068   0.458   -0.064   0.460   -0.077   0.452 
 1031959   HLA-B*27:05   9   8457   5837   binary   0.163   0.602   0.161   0.601   0.145   0.591   0.153   0.596   0.162   0.602   0.161   0.601   0.180   0.613   -   -   -   -   -   -   -   -   0.151   0.595   0.161   0.601   0.159   0.600   0.153   0.596 
 1031959   HLA-B*27:05   10   7665   5575   binary   0.196   0.627   0.181   0.617   0.142   0.592   0.189   0.622   0.192   0.625   0.188   0.622   0.190   0.623   -   -   -   -   -   -   -   -   0.172   0.611   0.187   0.621   0.197   0.627   0.188   0.622 
 1031959   HLA-B*27:05   11   5330   3999   binary   0.229   0.653   0.211   0.641   0.179   0.620   0.216   0.644   0.230   0.653   0.230   0.653   0.223   0.648   -   -   -   -   -   -   -   -   0.227   0.649   0.212   0.641   0.217   0.645   0.228   0.652 
 1031971   H-2-Kb   8   10   5   t1/2   0.725   0.880   0.818   0.920   0.673   0.760   0.816   0.820   0.733   0.840   0.733   0.840   0.709   0.720   0.927   0.920   0.855   0.960   -   -   -   -   0.455   0.720   0.709   0.920   0.612   0.800   0.515   0.680