IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 68 71 66
ANN 4.0 59 57 61
ARB 30 26 35
IEDB Consensus 47 41 53
NetMHCcons 71 70 73
NetMHCpan 2.8 54 51 57
NetMHCpan 3.0 59 60 58
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 33 23 44
SMM 50 46 55
SMMPMBEC 44 47 41
mhcflurry 1.2.0 92 92 92

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028553   HLA-A*02:01   9   22   2   ic50   0.700   0.950   0.632   0.925   0.686   0.900   0.579   0.850   0.641   0.925   0.617   0.925   0.590   0.850   -   -   -   -   -   -   -   -   0.577   0.825   0.591   0.850   0.624   0.825   0.763   0.975 
 1028553   HLA-B*07:02   9   22   3   ic50   0.758   0.921   0.645   0.895   0.553   0.877   0.675   0.877   0.717   0.912   0.662   0.895   0.670   0.895   -   -   -   -   -   -   -   -   0.615   0.895   0.622   0.895   0.623   0.877   0.683   0.912 
 1028554   HLA-A*02:01   9   44   7   ic50   0.620   0.828   0.598   0.811   0.507   0.761   0.505   0.855   0.688   0.888   0.696   0.888   0.708   0.876   -   -   -   -   -   -   -   -   0.506   0.880   0.581   0.898   0.547   0.861   0.631   0.907 
 1028554   HLA-B*07:02   9   52   6   ic50   0.698   0.884   0.670   0.833   0.654   0.757   0.594   0.862   0.729   0.862   0.617   0.772   0.627   0.790   -   -   -   -   -   -   -   -   0.704   0.743   0.661   0.851   0.704   0.855   0.862   0.924 
 1028554   HLA-B*35:01   9   56   3   ic50   0.273   0.566   0.266   0.686   0.260   0.642   0.288   0.761   0.355   0.642   0.364   0.679   0.401   0.673   -   -   -   -   -   -   -   -   0.284   0.503   0.206   0.591   0.204   0.528   0.503   0.811 
 1028554   HLA-B*44:03   9   46   3   ic50   0.559   0.651   0.651   0.736   0.249   0.558   0.557   0.907   0.546   0.643   0.457   0.612   0.598   0.636   -   -   -   -   -   -   -   -   0.427   0.643   0.466   0.752   0.549   0.760   0.773   0.690 
 1028554   HLA-B*57:01   9   53   10   ic50   0.519   0.944   0.526   0.958   0.124   0.628   0.334   0.798   0.563   0.916   0.619   0.863   0.638   0.865   -   -   -   -   -   -   -   -   0.445   0.849   0.331   0.765   0.290   0.772   0.624   0.970 
 315174   HLA-B*27:03   9   11   7   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.657   0.893   0.657   0.893   0.538   0.821   -   -   -   -   -   -   -   -   0.657   0.893   -   -   -   0.500   0.777   0.964 
 1028790   HLA-A*02:01   9   55   47   ic50   0.610   0.565   0.611   0.564   0.580   0.566   0.556   0.513   0.613   0.566   0.615   0.574   0.607   0.577   -   -   -   -   -   -   -   -   0.586   0.660   0.625   0.564   0.610   0.553   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   10   35   31   ic50   0.453   0.669   0.441   0.637   0.439   0.637   0.456   0.657   0.443   0.677   0.407   0.677   0.433   0.605   -   -   -   -   -   -   -   -   0.303   0.645   0.468   0.653   0.449   0.593   0.670   0.839 
 1028790   HLA-A*02:02   9   55   45   ic50   0.639   0.744   0.587   0.724   0.494   0.733   0.564   0.712   0.620   0.747   0.582   0.713   0.589   0.753   -   -   -   -   -   -   -   -   0.531   0.721   0.557   0.714   0.572   0.742   0.859   0.911 
 1028790   HLA-A*02:03   9   55   43   ic50   0.509   0.668   0.495   0.655   0.501   0.684   0.417   0.657   0.537   0.694   0.539   0.696   0.535   0.714   -   -   -   -   -   -   -   -   0.503   0.766   0.519   0.678   0.530   0.686   0.583   0.694 
 1028790   HLA-A*02:03   10   35   28   ic50   0.314   0.781   0.292   0.760   0.289   0.684   0.276   0.709   0.291   0.791   0.208   0.750   0.269   0.755   -   -   -   -   -   -   -   -   0.070   0.704   0.335   0.730   0.313   0.699   0.687   0.923 
 1028790   HLA-A*02:06   9   55   36   ic50   0.620   0.757   0.622   0.765   0.566   0.725   0.585   0.730   0.642   0.773   0.630   0.770   0.631   0.778   -   -   -   -   -   -   -   -   0.528   0.750   0.588   0.732   0.587   0.732   0.820   0.876 
 1028790   HLA-A*02:06   10   35   12   ic50   0.552   0.754   0.512   0.819   0.495   0.775   0.545   0.779   0.574   0.761   0.572   0.768   0.575   0.822   -   -   -   -   -   -   -   -   0.387   0.656   0.560   0.790   0.588   0.801   0.820   0.884 
 1028790   HLA-A*68:02   9   55   16   ic50   0.557   0.835   0.552   0.829   0.448   0.761   0.529   0.814   0.548   0.825   0.534   0.806   0.544   0.814   -   -   -   -   -   -   -   -   0.448   0.798   0.536   0.811   0.524   0.801   0.575   0.825 
 1028790   HLA-A*68:02   10   35   8   ic50   0.432   0.699   0.460   0.648   0.314   0.729   0.372   0.699   0.330   0.667   0.272   0.620   0.357   0.616   -   -   -   -   -   -   -   -   0.295   0.662   0.383   0.718   0.337   0.685   0.410   0.671 
 1028928   HLA-A*02:01   9   13   11   binary   0.571   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.575   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   -   -   -   -   -   -   -   -   0.542   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955 
 1028928   HLA-B*07:02   9   12   10   binary   0.652   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.663   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.649   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000