IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 59 60 58
ANN 4.0 56 59 53
ARB 30 22 39
IEDB Consensus 37 36 38
NetMHCcons 64 66 61
NetMHCpan 2.8 51 51 51
NetMHCpan 3.0 60 62 58
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 29 18 39
SMM 42 41 42
SMMPMBEC 35 36 33
mhcflurry 1.2.0 83 87 80

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028291   HLA-B*07:02   8   16   6   t1/2   0.638   0.792   0.542   0.783   -0.198   0.467   0.556   0.750   0.642   0.817   0.607   0.850   0.629   0.833   -   -   -   -   -   -   -   -   0.517   0.717   0.434   0.700   0.596   0.783   0.518   0.750 
 1028291   HLA-B*07:02   9   599   377   t1/2   0.711   0.886   0.716   0.882   0.546   0.784   0.675   0.864   0.722   0.889   0.710   0.880   0.716   0.883   -   -   -   -   -   -   -   -   0.542   0.796   0.708   0.877   0.706   0.875   0.708   0.877 
 1028291   HLA-B*07:02   10   26   16   t1/2   0.415   0.653   0.455   0.625   0.364   0.637   0.615   0.697   0.365   0.625   0.297   0.606   0.394   0.612   -   -   -   -   -   -   -   -   0.177   0.531   0.610   0.713   0.585   0.700   0.436   0.644 
 1028291   HLA-B*07:02   11   17   10   t1/2   0.339   0.700   0.484   0.800   -   -   0.262   0.686   0.405   0.729   0.436   0.729   0.545   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   0.431   0.700   0.168   0.614   0.178   0.514   0.406   0.757 
 1028292   HLA-B*35:01   8   10   4   t1/2   -0.081   0.542   -0.119   0.458   0.468   0.792   0.119   0.583   0.000   0.583   0.075   0.667   -0.069   0.458   -   -   -   -   -   -   -   -   0.638   0.917   0.088   0.583   -0.381   0.375   0.500   0.792 
 1028292   HLA-B*35:01   9   650   254   t1/2   0.616   0.830   0.607   0.820   0.465   0.733   0.513   0.768   0.625   0.836   0.609   0.830   0.618   0.833   -   -   -   -   -   -   -   -   0.612   0.836   0.552   0.793   0.556   0.797   0.687   0.849 
 1028292   HLA-B*35:01   10   15   5   t1/2   0.161   0.740   0.374   0.800   -0.083   0.520   0.117   0.700   0.218   0.740   0.202   0.700   0.408   0.840   -   -   -   -   -   -   -   -   0.311   0.720   0.117   0.700   0.166   0.680   0.486   0.720 
 1028292   HLA-B*35:01   11   17   4   t1/2   0.035   0.462   -0.049   0.462   -   -   -0.280   0.577   0.250   0.596   0.308   0.654   -0.025   0.462   -   -   -   -   -   -   -   -   0.598   0.615   -0.280   0.577   -0.626   0.404   0.287   0.558 
 1028293   HLA-B*15:01   9   1070   855   t1/2   0.429   0.734   0.447   0.748   0.286   0.625   0.379   0.691   0.463   0.759   0.460   0.762   0.469   0.781   -   -   -   -   -   -   -   -   0.261   0.622   0.441   0.729   0.444   0.726   0.546   0.818 
 1028294   HLA-B*40:01   9   302   30   t1/2   0.588   0.659   0.587   0.650   0.454   0.666   0.550   0.674   0.564   0.642   0.528   0.615   0.522   0.623   -   -   -   -   -   -   -   -   0.452   0.614   0.549   0.673   0.532   0.656   0.595   0.651 
 1024516   HLA-A*02:01   9   51   45   ic50   0.673   0.639   0.674   0.633   0.658   0.648   0.615   0.572   0.672   0.633   0.666   0.633   0.649   0.626   -   -   -   -   -   -   -   -   0.591   0.659   0.691   0.641   0.677   0.630   0.753   0.711 
 1024516   HLA-A*02:01   10   32   28   ic50   0.545   0.688   0.529   0.643   0.532   0.643   0.543   0.674   0.555   0.692   0.537   0.696   0.530   0.616   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.661   0.537   0.670   0.523   0.621   0.753   0.848 
 1024516   HLA-A*02:02   9   51   44   ic50   0.653   0.739   0.601   0.718   0.511   0.756   0.563   0.680   0.632   0.747   0.599   0.721   0.601   0.776   -   -   -   -   -   -   -   -   0.504   0.700   0.552   0.687   0.566   0.727   0.862   0.925 
 1024516   HLA-A*02:03   9   51   42   ic50   0.539   0.684   0.534   0.675   0.536   0.728   0.422   0.665   0.562   0.709   0.565   0.720   0.564   0.746   -   -   -   -   -   -   -   -   0.475   0.772   0.528   0.683   0.541   0.693   0.625   0.717 
 1024516   HLA-A*02:03   10   32   25   ic50   0.378   0.794   0.399   0.777   0.361   0.731   0.304   0.720   0.376   0.806   0.308   0.760   0.360   0.771   -   -   -   -   -   -   -   -   0.162   0.714   0.310   0.720   0.303   0.703   0.725   0.920 
 1024516   HLA-A*02:06   9   51   34   ic50   0.709   0.813   0.712   0.824   0.663   0.777   0.681   0.785   0.733   0.830   0.718   0.825   0.718   0.829   -   -   -   -   -   -   -   -   0.545   0.760   0.682   0.787   0.679   0.787   0.874   0.924 
 1024516   HLA-A*02:06   10   32   10   ic50   0.568   0.823   0.501   0.877   0.534   0.850   0.574   0.850   0.596   0.836   0.605   0.850   0.583   0.882   -   -   -   -   -   -   -   -   0.463   0.764   0.576   0.841   0.592   0.850   0.822   0.909 
 1024516   HLA-A*68:02   9   51   15   ic50   0.586   0.857   0.595   0.863   0.473   0.800   0.559   0.838   0.576   0.852   0.566   0.839   0.584   0.850   -   -   -   -   -   -   -   -   0.537   0.863   0.562   0.831   0.552   0.826   0.604   0.856 
 1024516   HLA-A*68:02   10   32   6   ic50   0.467   0.814   0.515   0.776   0.374   0.782   0.424   0.827   0.355   0.763   0.275   0.705   0.414   0.763   -   -   -   -   -   -   -   -   0.310   0.776   0.413   0.821   0.361   0.808   0.482   0.821