IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 0 0 0
Consensus IEDB method 60 55 64
NN-align 69 68 69
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 75 79 70
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 26 26 26
Tepitope (Sturniolo) 52 49 54

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1031406   H2-IAb   24   16   ic50   -   -   0.752   0.992   0.780   0.992   -   -   0.902   0.984   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.692   0.969   -   - 
 1031683   HLA-DRB1*01:01   17   12   binary   0.105   0.567   0.606   0.883   0.738   0.967   -   -   0.764   0.983   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.580   0.867   0.567   0.858 
 1031683   HLA-DRB1*04:01   16   6   binary   -   -   0.056   0.533   0.196   0.617   -   -   0.196   0.617   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.028   0.517   0.421   0.750 
 1031683   HLA-DRB1*07:01   17   9   binary   0.253   0.646   0.770   0.944   0.818   0.972   -   -   0.818   0.972   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.746   0.931   0.867   1.000 
 1031683   HLA-DRB1*09:01   17   13   binary   0.144   0.596   0.396   0.769   0.651   0.942   -   -   0.736   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.368   0.750   -   - 
 1031683   HLA-DRB1*11:01   16   11   binary   -   -   0.572   0.855   0.483   0.800   -   -   0.307   0.691   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.570   0.855   0.470   0.818 
 1031683   HLA-DRB1*15:01   17   13   binary   -   -   0.425   0.788   0.340   0.731   -   -   0.481   0.827   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.283   0.692   0.241   0.663